양도하는 주택이 1세대 1주택 비과세 특례에 해당되나 그 주택의 양도가액이 9억원을 초과할 경우에는 양도가액에서 9억원을 초과하는 비율만큼만 과세가 되고, 9억원 이하 비율에 해당하는 양도소득은 비과세가 적용된다(소득세법 시행령 160조, 소득세법 95조 3항, 소득세법 89조 1항 3호).
한편, 건물이 1층은 주택, 2층은 상가 등인 겸용주택을 양도할 경우 2층의 상가연면적이 주택연면적 미만일 경우에는 2층의 상가도 주택으로 본다(소득세법 시행령 154조 3항).
위 고가주택 양도소득 산정 특례는, 고가주택이 아니라면 1세대 1주택 비과세인 주택에 대해 적용을 하는 것인데 이때 겸용주택 규정도 적용되는지가 쟁점일 수 있다.
겸용주택을 모두 주택으로 보는지 여부에 따라 원래 상가 부분의 양도차익이 달라지기 때문이며 근본적으로 상가부분을 비과세로 볼 수 있느냐의 문제가 되기 때문이다.
겸용주택이면서 고가주택인 경우 쟁점사항을 정리하면 다음과 같다.
① 상가의 연면적이 주택의 연면적보다 적은 겸용주택인 경우: 겸용주택 전체가 주택이며 양도가액 전체에서 9억원을 차감한 비율로 과세된다. 취득가액을 알지 못해 환산취득가액을 적용할 경우에는 상가부분도 주택으로 보아 주택의 기준시가를 적용한다.
② 상가의 연면적이 주택의 연면적보다 같거나 큰 겸용주택을 양도할 경우 : 주택 및 그 부수토지(5배 또는 10배)만 주택으로 보아 고가주택 여부를 판단하며 상가는 전체가 모두 과세된다.
아래 사례는 상가의 연면적이 주택의 연면적보다 적은 겸용주택을 9억원 초과하여 양도하였는데 그 취득가액을 알 수 없어 환산취득가액을 적용할 때 상가도 주택으로 보아 주택의 기준시가를 적용한 것에 대해 과세관청의 경정처분을 받은 사례이다.
◆겸용주택인 고가주택의 양도차익 산정
<원고의 주장>
원고는 이 사건 건물과 그 대지는 주택과 상가로 복합되어 있는 형태로서 관련 법령 상 이 사건 건물 전체를 주택으로 보아 그 양도차익을 산출하여야 함에도 피고는 상가와 주택으로 각각 구분하여 양도차익을 산정, 이 사건 처분을 하였으므로 위법하다고 주장하였다.
<피고의 주장>
겸용주택의 주택 외 부분을 주택으로 볼 수 있는 규정은 1세대 1주택 비과세를 적용할 수 있을 때에만 적용할 수 있는 것이고, 환산 취득가액을 산정함에 있어서까지 해당 규정을 적용할 수 없다.
◆ 대법원 “1세대 1주택 비과세 요건 갖춘 고가주택은 겸용주택 특례적용해야”
대법원은 다음과 판결하였다.
① 소득세법 89조 1항 3호는 1세대 1주택 비과세뿐만이 아니라 그 중 비과세 범위에서 제외되는 ‘고가주택’에 대해서도 규정하고 있는 점,
② 소득세법 시행령 154조 3항(*겸용주택의 주택 판정)은 그 문언 자체로 보더라도 양도소득세 비과세 대상인 1세대 1주택의 경우에만 적용된다고 해석하여야 할 것은 아닌 점,
③ 고가주택의 범위를 규정한 소득세법 시행령 제156조 2항 또한 소득세법 시행령 154조 3항 본문의 규정에 의해 주택으로 보는 부분에 해당하는 실지거래가액을 포함하여 고가주택 여부를 판정하도록 한 점,
④ 이러한 관련 규정의 문언과 체계, 입법취지를 종합하면, 고가주택의 양도차익을 계산하면서 환산취득가액을 적용할 때에도 소득세법 시행령 154조 3항이 적용된다고 봄이 타당하다.
참고 : 대법원-2015두37235(2016.01.28)
◆쟁점 정리
위 사건에 대해 전심인 고등법원(서울고등법원2014누51939)은 행정법원의 판단과 달리 고가주택인 겸용주택은 주택 부분만 비과세 대상이 될 수 있다고 보아 원고의 청구를 기각했었다.
이 사건의 쟁점은 1세대 1주택 비과세 규정의 위임 규정인 시행령을 어떻게 해석하느냐 인데 해당 1세대 1주택 비과세 규정 및 위임 규정인 시행령 중 쟁점이 되는 원문은 다음과 같다.
소득세법 제89조 [비과세 양도소득]
① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세를 과세하지 아니한다.
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은제외한다)과 이에 딸린 토지로서 (중략)
가. 대통령령으로 정하는 1세대 1주택
소득세법 시행령 제154조 3항
법 제89조 제1항 3호를 적용할 때 하나의 건물이 주택과 주택 외의 부분으로 복합되어 있는 (중략) 전부를 주택으로 본다. 다만, 주택의 연면적이 주택 외의 부분의 연면적보다 적거나 (중략) 주택으로 보지 아니한다.
위 법조문을 보면 시행령에서 규정하기를, 법 제89조 제1항 3호라고 하였으며 법 제89조 1항 3호 본문 중 고가주택은 제외한다고 하지 않았기 때문에 대법원은 결국 고가주택인 겸용주택에 대해서도 시행령 제154조 3항을 적용하여야 한다고 본 것이다.
해당 사건은 1세대 1주택 비과세 규정, 고가주택의 양도차익 산정 및 겸용주택 시 주택 판정 등 관련 규정의 전체적인 체계 및 입법취지를 고려하여야 판단할 수 있는 사건이었다.
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