청구인은 쟁점부동산을 2013.712.일 취득하여 000 양도하고, 영도소득세 예정신고 기한이 경과된 후인 000 부동산의 취득가액을 000으로 기한 후 신고하였다가, 000 취득가액을 000으로 수정하면서 조세특례제한법 제99조의2에 따른 신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세 감면 규정을 적용하여 다시 기한 후 신고하였다.

J지방국세청장은 청구인에 대한 부동산 투기조사를 실시하여 청구인이 쟁점부동산의 매매계약서를 허위로 작성함에 따라 조세특례제한법 제129조 제1항에 따른 양도소득세 감면배제 대상에 해당되는 것으로 처분청에 과세자료를 통보하였다.

처분청은 통보받은 자료를 바탕으로 쟁점부동산에 대한 양도소득세 감면을 배제하고 가산세를 가산하여 000 청구인에게 2015년 귀속 양도소득세 000을 경정· 고지했다. 청구인은 이에 불복, 심판청구를 제기했다.

청구인은 쟁점부동산 양도 후 000 양도소득세 기한 후 신고를 하였으나, 이후 신고가 잘못된 사실을 인지하고 000 재산세과 직원의 조언을 받아 기한 후 신고를 수정하였는데, 당시에 이 건 양도소득세 과세 및 가산세 부과에 대한 어떠한 안내도 받지 못했으므로 처분청의 과세는 부당하다고 주장했다.

처분청은 청구인이 000까지 잔금을 완납할 경우에 입주지원금으로 000의 혜택을 부여한다는 것으로 되어 있는 공급특약서에 따라 000 이전에 잔금을 완납하고 000 등기부상 소유권이전등기를 완료하였으므로 청구인이 잔금 청산을 완료한 시점에 매매계약서는 특약서로 변경된 것이다.

청구인은 이를 알고도 쟁점부동산 양도에 대한 기한 후 신고 시 취득가액을 000으로 신고하였으므로 조세특례제한법 제129조 제1항에 따라 양도소득세 감면이 배제되어야 한다는 의견을 냈다.

한편 조세심판원에 따르면 청구인은 쟁점부동산 취득 시 매매계약서 외에 공급특약서를 별도로 작성함에 따라 매매계약서와 공급특약서를 함께 제출하여야만 정당한 거래가액을 확인할 수 있음에도 매매계약서만을 제출하여 실지거래가액과 다른 가액으로 신고한 점, 또 조세특례제한법 제99조의2에 따른 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면을 적용받으려면 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고와 함께 사업주체 등이 시장· 군수· 구청장으로부터 확인 및 날인 받아 교부한 매매계약서 사본을 납세지 관할 세무서장에게 제출해야 함에도 청구인은 예정신고 기한까지 양도소득세 신고를 하지 않은 점 등으로 비추어보더라도 처분청이 쟁점부동산에 대한 양도소득세 감면을 배제하여 과세한 처분청은 달리 잘못이 없는 것으로 판시, 경정결정(조심2017중0711, 2017.6.27.)했다.

다음은 사실관계 및 판단사항이다.

①쟁점부동산의 등기사항전부증명서에 따르면 청구인은 000 쟁점부동산을 000로부터 매매를 원인으로 취득하였고 거래가액은 000으로 되어 있으며 000에게 000에 양도한 것으로 확인된다.

②쟁점부동산 취득 관련 매매계약서에 따르면, 청구인은 000 매도인 000과 쟁점부동산으 매매대금을 000으로 하여 부동산 매매계약을 체결하였고 같은 날 별도의 공급특약서를 통해 청구인이 000까지 잔금을 완납할 경우에는 매도인 000이 입주지원금으로 000의 혜택을 부여하여 매매대금을 000으로 변경한다는 내용의 특별약정을 체결하였다.

③청구인은 2017.5.10.일 개최된 조세심판관회의 시 전화 진술을 통해 000 기한 후 신고 당시 쟁점부동산의 매매계약서만을 첨부하여 취득가액을 사실과 다르게 신고한 이유에 대하여 자세한 내용을 알지 못한 상화에서 매매계약서를 기준으로 양도소득세 신고를 해야 한다고 듣고 그렇게 한 것이라고 진술하였다.

[관련법령]

▶소득세법 제91조(양도소득세 비과세 또는 감면배제 등)

▶조세특례제한법 제99조의2(신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)

▶국세기본법 제45조의3(기한 후 신고)

▶국세기본법 제48조(가산세 감면 등)

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