S지방국세청장(이하 조사청이라 한다)은 2016.9.6.부터 2016.10.15.까지 2013년~2015년 과세기간에 대한 개인통합조사 및 취득자금 출처조사를 실시하고, 청구인(광고물 제작 및 문구류 제조업을 영위하는 사업자)의 매출누락공급가액 000을 재산취득자금으로 확인한 후 000세무서장에게 부가가치세 경정결의안을 통보하였으며, 000세무서장은 2016.12.5.일 청구인에게 2011년 제2기~2015년 제2기 부가가치세 000을 경정·고지했다.

청구인은 2011년 제2기~2012년 제2기(이하 ‘쟁점과세기간’이라 한다) 부가가치세 부과처분이 국세기본법 제81조의9(세무조사 범위 확대의 제한)를 위반한 것이라는 이유로 심사청구를 제기하였고, 조사청은 당초 부과처분을 취소하는 경정결의안을 통보하여 직권 시정하였으며, 2017.1.11.일 처분청에 2011년 제2기~2012년 제2기 매출과소신고 과세자료를 통보했다.

통보받은 과세자료를 바탕으로 000세무서장은 청구인에게 2017.4.27.일 2011년 귀속 종합소득세 000, 2017.6.19. 2012년 귀속 종합소득세 000 합계 000을 경정·고지했다. 000세무서장은 청구인에게 2017.1.20. 2011년 제2기 부가가치세 000, 2017.3.14. 2012년 제1기 부가가치세 000, 2012년 제2기 부가가치세 000 합계 000을 경정·고지했다. 청구인은 이에 불복, 부가가치세 부과처분에 대해서는 2017.4.12. 이의신청을 거쳐 종합소득세 부과처분에 대해서는 곧바로 2017.7.6.일 심판청구를 제기했다.

청구인에 의하면 조사청이 청구인에 대한 세무조사를 실시하면서 청구인의 동의 없이이 임의로 조사기간 이외의 전산파일 등을 예치하고 이를 근거로 조사범위 확대에 따른 절차 없이 청구인에게 부가가치세를 부과한 것은 국세기본법 제81조의9(세무조사 범위 확대의 제한) 및 조사사무처리규정 제39조(조사범위 확대의 제한) 및 조사사무처리규정 제39조(조사범위 확대의 제한)를 위반하였으므로 취소되어야 한다고 주장했다.

그러나 처분청에 의하면 처분청은 조사청에서 파생된 매출누락 자료를 근거로 쟁점과세기간에 대한 부가가치세를 경정하였으므로 조사청의 조사범위 확대여부와 무관하며 고지 절차 및 송달에 관하여는 절차상 하자가 없다는 의견을 냈다.

한편 조세심판원은 청구인이 쟁점과세기간에 대한 부가가치세 부과처분은 세무조사의 범위를 임의로 확대한 것이라는 이유로 심사청구를 제기한 것에 대하여 조사청이 당초 부과처분을 취소하는 경정결의안을 통보하여 이를 직권 시정했다.

그러나 조사청이 처분청에 관련 과세자료를 통보함에 따라 처분청이 해당 과세자료를 바탕으로 쟁점과세기간에 대한 종합소득세 및 부가가치세를 과세한 것은 결국 세무조사 범위 확대의 제한 규정을 위반한 세무조사에 따른 것이고, 심사청구에 대한 결정의 기속력에도 반하는 것으로 보이므로(대법원 2014.7.24. 선고 2011두14227 판결, 같은 뜻임), 처분청이 이 건 종합소득세 및 부가가치세를 과세한 처분은 잘못된 것으로 조세심판원은 심리판단, 취소결정 (조심2017서3349, 2017.11.16.)을 내렸다.

다음은 사실관계 및 판단사항이다.

①청구인이 제출한 조사청의 세무조사 통지 공문에 따르면, 조사청은 청구인에 대하여 조사대상 세목은 개인통합조사(소득세, 부가가치세, 원천세 등), 조사대상 과세기간은 2013.1.1.~2015.12.31., 조사기간은 2016.9.6.~10.15.(40일)로 기재한 세무조사 통지 공문을 통해 청구인에 대한 세무조사를 실시하게 되었음을 알렸다. 해당 공문에는 국세기본법 제81조의7 제1항 단서에 따라 세무조사 사전통지를 하지 않은 것으로 되어 있다.

②청구인이 제출한 조사청의 세무조사 결과 통지 공문에 따르면, 조사청은 청구인에 대한 세부조사 결과 000 매출누락 000에 대하여 2011년 제2기부터 2015년 제2기까지의 부가가치세 및 2011년부터 2015년까지의 종합소득세 예상고지세액을 통지하였다.

③처분청이 제출한 심리자료에 따르면, 청구인은 조사청에서 실시한 개인통합조사와 관련하여 2011년제1기~2012년제2기분 000의 영세율 매출과 현금소매매출 신고누락금액 000에 대해 수정신고 납부할 것을 확인한다는 내용의 확인서를 작성하였다.

④심리자료에 따르면, 청구인은 쟁점과세기간에 대한 부가가치세 부과처분은 국세기본법 제81조의9(세무조사 범위 확대의 제한)를 위반한 것이라는 이유로 심사청구를 제기하였고, 조사청은 쟁점과세기간의 부가가치세 부과처분을 직권으로 취소한 후 처분청에 과세자료를 통보하였다.

[심판결정례 보기]

▣조심 2016중3708, 2017.8.24.= 국세기본법 제81조의9는 예상하지 못한 세무조사에 기한 부과처분으로부터 납세자를 보호하고자 하는 규정임에도 조사청은 조사대상 과세기간을 2013.2.1.1.~2015.12.31.로 하는 개인통합조사를 시행하면서 조사대상 기간에 대한 확대 없이 쟁점과세기간에 대하여 임의로 세무조사를 진행하고 종합소득세 및 부가가치세를 부과한바, 그와 같이 임의로 세무조사의 범위를 확대하면서 그 사유와 범위를 납세자에게 문서로 통지하지 않고 과세처분한 행위는 처분의 취소사유에 해당하는 중대한 절차상 하자라 할 것이다.

[관련법령]

▶국세기본법 제81조의7(세무조사의 사전통지와 연기신청)

▶국세기본법 시행령 제63조의11(세무조사 범위의 확대)

▶조사사무처리규정 제39조(조사범위 확대의 제한)

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