치과용 기기 제조업을 영위하는 법인인 청구법인은 2012.2.2. 조특법 시행령 제2조 제2항의 개정으로 제1항 제3호의 “실질적인 독립성”요건을 갖추지 못하였다고 보아 2012~2016사업연도 법인세 신고 시 연구 및 인력개발비 세액공제의 공제율을 조특법상 중소기업이 아닌 일반기업의 것(5~8%)으로 적용하여 공제액을 산정하였다.

청구법인은 위 개정규정이 기존에 유예기간을 적용받던 중소기업에 대해서는 적용되지 아니함을 이유로 2012~2016사업연도 연구 및 인력개발비 세액공제율을 중소기업 기준(15~25%)으로 재산정하여 2017.3.30. 및 2017.5.2.일 2012~2016사업연도 법인세 000원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2017.5.31.일 거부 처분하였다.

따라서 유예기간 중에 있는 기업이 사후적으로 개정된 조특법 시행령상의 관계기업 요건을 초과하게 되는 경우 이미 부여받은 유예적용 기간은 실효되지 않고 계속 적용된다고 할 것이므로 청구법인이 중소기업에 해당함을 전제로 연구 및 인력개발비 세액공제 공제율을 변경하여 경정청구한 것은 인정되어야 한다고 주장했다.

그러나 처분청에 의하면 그 동안 기획재정부 및 국세청 유권해석 등을 통해 규모 확대 등으로 중소기업 유예기간 적용 중에 있는 기업이 구 조특법 시행령 제2조 제1항 제3호의 ‘실질적인 독립성’ 요건을 갖추지 못하게 된 경우에는 그 사유가 발생한 사업연도부터 유예기간을 적용받을 수 없는 것으로 일관되게 해석해 오고 있으므로 처분청이 독립성 기준 위배 사유로 유예기간 적용을 배제하고 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다는 의견을 냈다.

한편 조세심판원은 위 단서는 위 제2호 사유 외에는 ‘중소기업’이 각 호의 어느 하나의 사유로 ‘중소기업’에 해당하지 안하게 된 경우를 ‘유예기간을 적용하지 아니하는 사유’로 명시하고 있으므로 이러한 사정에 비추어 제2호 사유를 제외하고 ‘유예기간을 적용하지 아니하는 사유’에 대하여 정한 위단서 규정을 가지고 이미 진행 중이던 유예기간의 실효규정으로까지 해석하기는 어렵다 할 것이다.

따라서 처분청이 청구법인의 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘 못이 있다고 심리 판단, 취소결정(조심2017중3290, 2017.11.16.)을 내렸다.

[법원판결 보기]

▣대법원 2016.8.29. 선고 2016두33902 판결= 구 조특법 시행령 제2조 제2항 후단의 ‘유예기간 중에 있는 기업’을 ‘중소기업’과 별도로 구분하여 표시하고 있다고 보아 ‘유예기간 중에 있는 기업’은 ‘중소기업’이 아니므로 ‘유예기간 중에 있는 기업’은 유예적용 배제 대상이 아니라고 해석하고 있으나, 판례와 같이 중소기업을 졸업하는 과세연도에만 유예배제 여부를 판단한다면 유예기간 중 독립성기준 위배 사유가 동일하게 발생하였는데도 그 사유 발생시점에 따라 중소기업 적용배제 여부가 달라지는 불합리한 문제가 발생한다.

또한 구 조특법 시행령 제2조 제2항 단서에 ‘유예기간 중에 있는 기업’이란 표현이 들어간 것은 종전에 통칙으로 운영되던 합병법인에 대한 적용례를 2010.12.30. 법령화한 것으로 대법원 판결은 동 조항의 입법 취지를 오인한 것이라는 의견이다.

[관련법령]

▶조세특례제한법 시행령 (2012.2.2.대통령령 제23590호로 개정된 것) 제2조 (중소기업의 범위)

▶조세특례제한법 시행령(2010.12.30. 대통령령 제22583호로 개정된 것) 제2조 (중소기업의 범위)

▶조세특례제한법 시행규칙(2012.1.1. 기획재정부령 제251호로 개정된 것) 제2조(중소기업의 범위)

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