(조세금융신문=김종규 기자) 조세심판원은 처분청이 개정된 조세특례제한법 시행령 부칙의 경과조치 규정을 함에 있어서 2016사업연도 매출액을 기준으로 하여 종전 규정에 의한 소기업 해당여부를 판단하여 행한 이 건 처분은 잘못이 있다는 심판결정례를 내놓았다.

건설용 석재를 생산하는 광업을 주업으로 하는 청구법인은 2016사업연도 법인세 신고 시 조세특례제한법 제7조의 중소기업특별세액감면을 적용함에 있어 소기업 감면율인 30%를 적용하여 감면세액을 000원으로 신고하였다.

한편 처분청은 청구법인의 2016사업연도 매출액이 000원으로 조특법 시행령 제6조 제5항의 소기업 기준을 충족하지 못하였다고 보아 조특법 제7조 제1항 제2호 바목(目)의 감면율(중기업 15%)을 적용하여 2017.8.7.일 청구법인에게 2016사업연도 법인세 000원을 경정·고지하였다. 청구법인은 이에 불복, 2017.8.29.일 심판청구를 제기하였다.

청구법인은 조특법 부칙에 따라 청구법인은 2015사업연도의 상시 종업원 수가 23명이고, 매출액도 000원으로 종전 규정에 따르면 소기업의 기준에 해당하므로 소기업의 감면율인 30%를 적용하여야 한다고 주장했다.

한편 처분청은 개정 법률은 시행일(2016.1.1.)이후 개시하는 과세연도 분부터 적용하는 것이고, 2016.1.1.일 이후 개정 규정에 따른 소기업에서 제외되는 법인이 개정된 시행령 부칙 제22조에 따라 소기업을 적용받기 위해서는 개정 조특법의 시행 당시인 2016.1.1.일에 종전 규정에 따라 소기업에 해당되어야 하므로 전년도가 아닌 2016.1.1.일이 속하는 사업연도에 소기업에 해당하지 않은 청구법인의 경우 소기업 감면을 적용받을 수 없다는 것이다.

처분청은 또 소기업 여부는 과세연도 단위로 당해 과세연도를 기준으로 판정하는 것이고 중소기업의 판정기준과는 달리 소기업은 유예기간을 적용하는 것이 아니므로(국심 2007서4037, 2008.3.20. 참조) 부칙 규정을 적용함에 있어서 개정 규정에 의하여 소기업에서 제외되는 경우 종전 규정에 따라 과세연도 단위로 소기업연도를 판단하는 것이 타당하다는 의견을 냈다.

조세심판원은 2016.2.5.일 대통령령 제26959호로 개정된 조특법 시행령 부칙 제22조에서 경과조치 적용대상 소기업이 개정 조특법 시행 당시(2016.1.1.)종전의 제6조 제5항에 따라 소기업에 해당되었던 기업이라고 하고 있어 2016년도 매출액이나 종업원 수가 확정되지 아니한 2016.1.1. 당시에는 종전 규정에 의한 소기업 해당 여부를 판단하는 것이 합리적이라 보인다는 것이다.

따라서 심판원은 처분청이 개정된 조특법 시행령 부칙의 경과조치 규정을 해석함에 있어 2016사업연도 매출액을 기준으로 하여 종전 규정에 의한 소기업 해당 여부를 판단한 것은 잘못이 있다고 심리판단, 취소결정(조심2017전4105, 2018.2.12.)을 내렸다.

다음은 사실관계 및 판단사항이다.

①처분청이 제시한 청구법인의 2016사업연도 법인세 과세표준 및 세액 경정결의서에 의하면, 청구법인이 당초 조특법 제7조의 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용함에 있어 소기업 감면율(30%)을 적용하여 감면세액을 000원으로 한데 대해, 2016사업연도에는 소기업에 해당하지 않는다고 보아 중기업 감면율인 15%를 적용하여 감면세액을 000원으로 경정한 것으로 나타난다.

②청구법인이 제출한 2015사업연도 법인세 신고서 및 원천징수이행상황신고서, 연말정산자료입력현황표 등에 의하면, 2015사업연도의 경우 매출액(수입금액)은 000원, 연말정산대상 종업원 수는 23명으로 나타나고, 2016사업연도의 경우 매출액(수입금액)은 000원, 연말정산대상 종업 수는 23명으로 나타나는바, 2015사업연도 말 기준으로는 조특법 시행령 제6조 제5항에 따라 소기업으로 보이나, 2016연도 말 기준으로 매출액이 000원을 초과하여 소기업에 해당하지 아니한다.

③처분청은 청구법인의 주장처럼 개정된 조특법 시행령 부칙 제22조의 경과조치를 해석함에 있어 종전 시행령 제6조 제5항에 따라 소기업에 해당하는 시기를 2016.1.1. 전 과세기간(2015사업연도)으로 보게 된다면, 2016.1.1. 전 과세기간에 소기업이라는 이유만으로 이후 중기업 해당여부에 상관없이 4년간 무조건 소기업으로 간주되어 일부 법인에게는 과도한 조세혜택이 부여되는 반면, 2016.1.1. 전 과세기간에 중기업이었다가 2016년 과세기간(2016사업연도)에 종전 규정에 의한 소기업에 해당하는 다른 법인에게는 상대적으로 조세혜택이 과도하게 제한되는 문제점이 있다고 의견을 제시하였다.

④기획재정부에서 2016년에 발간한 2015 간추린 개정세법 해설책자에 의하면, 조특법 시행령 제6조 제5항의 개정취지가 소기업 판단기준에 있어 소기업이 고용을 늘리더라도 세제지원이 유지될 수 있도록 매출액 기준으로 일원화하는데 있다고 하면서 적용시기는 2016.1.1. 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용하고, 경과조치로 종전 규정에 따라 소기업에 해당했던 기업이 동 개정에 따라 소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우는 2019.1.1.이 속하는 과세연도까지 소기업 유예기간을 적용한다고 하고 있다.

[관련법령]

▲조세특례제한법(2015.12.15. 법률13560호로 개정된 것)제7조(중소기업에 대한 특별세액감면)

▲조세특례제한법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정되 것) 제6조(중소기업에 대한 특별세액감면)

▲조세특례제한법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것) 제6조(중소기업에 대한 특별세액감면)

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