국세청이 공개한 '주식 양도소득세 대표 실수사례' 12가지

2025.09.24 12:31:45

매매체결일과 결제일 등 혼동으로 실수한 사례 등 제시

(조세금융신문=김영기 기자) 국세청은 주식 매매계약 체결일과 결제일을 혼동해 대주주 요건을 잘못 판단하는 사례를 비롯한 대표적인 12개 실수사례를 밝혔다.

 

24일 국세청에 따르면 이같은 경우, 상장주식은 매매계약 체결일이 아닌 결제일(T+2일, 한국거래소 영업일)을 기준으로 대주주 요건 충족 여부를 확인해야 한다고 설명했다.

 

Ⅰ과세대상 (대주주 판단 등)

 

01 주식 매매계약 체결일과 결제일을 혼동해 대주주 요건을 잘못 판단한 사례

 


실수사례_

□□씨는 직전 사업연도 말일에 주식 매도계약을 체결하고 체결일 기준으로 K상장주식(중소기업이 아님)의 대주주가 아니라고 판단하여, 해당연도에 K상장주식 잔여분을 양도후 양도소득세를 무신고하였으나, 가산세 등 추징.

 

실수_

K상장주식을 양도하고 양도소득 과세표준 1억원에 대한 양도소득세 무신고.

 

과세_

직전 사업연도 말일에 주식 매매계약이 체결되었으나 대금결제일이 도래하지 않아 여전히 K상장주식의 대주주로 확인됨에 따라 20%세율을 적용하여 양도소득세 26백만원 과세(가산세 포함), *일반무신고가산세 20%, 납부지연가산세 10%로 가정하여 적용.

 

사례설명_

상장주식은 체결일 기준이 아닌 결제일(T+2일, 한국거래소 영업일) 기준으로 대주주의 주식 보유 현황을 판단.

 

Check Point_

매매계약 체결일이 아닌 결제일을 기준으로 대주주 요건 충족 여부 확인.

 

 

02 대주주 요건에 해당하는 기존 보유주식을 전량 처분한 후 새로 매수한 주식 기준으로 대주주 요건을 잘못 판단한 사례

 

실수사례_

□□씨는 직전 사업연도 종료일 현재 K상장주식 대주주에 해당하나 기존 보유주식을 전량 처분한 후 당해연도에 새롭게 매수한 K상장주식만으로는 대주주 기준에 해당하지 않아 과세대상이 아닌 것으로 판단하여 주식 양도소득세를 무신고하였으나,가산세 등 추징.

 

실수_

K상장주식을 양도하고 양도소득 과세표준 1억원에 대한 양도소득세 무신고

 

과세_

직전 사업연도 종료일 기준 A상장주식의 대주주에 해당하고, 1년 미만 보유한 경우에 해당하여 30% 세율이 적용됨에 따라 ▶양도소득세 39백만원 과세(가산세 포함). *일반무신고가산세 20%, 납부지연가산세 10%로 가정하여 적용

 

사례설명_

직전 사업연도 종료일 현재 K상장주식의 대주주에 해당하는 경우, 기존에 보유하고 있던 K상장주식을 당해연도에 전부 매각한 후 새롭게 취득하여 양도하는 경우, 새로 취득한 주식만으로는 대주주 기준에 미달하더라도 대주주가 양도한 주식에 해당.

 

Check Point_

전 사업연도 종료일 기준으로 대주주 해당 여부를 확인.

 

 

03 이혼한 배우자의 보유주식을 포함하지 않고 최대주주 여부를 판단한 사례

 

사례설명_

△△씨는 직전 사업연도 종료일에는 혼인 상태였으나 이후 K상장주식의 양도시점에는 이혼함에 따라, 종전 배우자의 지분을 포함하지 않고 소액주주에 해당하는 것으로 판단하여 주식 양도소득세를 무신고하였으나, 가산세 등 추징.

 

실수_

K상장주식의 양도 시점에 소액주주(비과세)로 판단하여 양도소득 과세표준 1억원에 대한 양도소득세 무신고.

 

과세_

이혼한 배우자의 보유지분을 포함할 경우 과세대상 최대주주에 해당되어 20% 세율이 적용됨에 따라 ▶양도소득세 26백만원 과세(가산세* 포함) *일반무신고가산세 20%, 납부지연가산세 10%로 가정하여 적용.

 

사례설명_

최대주주* 판정에 있어 특수관계 유무는 직전 사업연도 종료일 현재를 기준으로 판단하므로, 양도 당시 이혼으로 특수관계가 소멸하였더라도 직전 사업연도 종료일 현재 혼인 상태인 경우에는 종전 배우자의 지분을 포함하여 최대주주 여부를 판단.

 

* 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 ‘주주 1인 등’의 소유주식의 비율 합계가 해당 법인의 ‘주주 1인 등’ 중에서 최대인 경우 기타주주의 소유주식의 지분율 및 시가총액을 합산하여 양도소득세 과세대상 대주주 여부를 판정.

 

Check Point_

직전 사업연도 종료일 현재를 기준으로 특수관계 성립 여부를 확인..

 

 

04 상장주식 장외 거래분 양도소득세 신고 누락

 

실수사례_

○○은 K상장주식(중소기업이 아님)을 장외 거래한 후 상장주식 소액주주는 과세

대상이 아니라고 판단, 주식 양도소득세를 무신고하였으나, 가산세 등 추징.

 

실수_

K상장주식을 장외에서 양도하고 양도소득 과세표준 1억원에 대한 양도소득세 부신고.

 

과세_

상장주식을 장외 거래한 경우 대주주 여부에 관계없이 과세대상에 해당함에 따라 20% 세율을 적용하여 ▶양도소득세 26백만원 과세(가산세* 포함) *일반무신고가산세 20%, 납부지연가산세 10%로 가정하여 적용.

 

사례설명_

장외에서 양도하는 상장주식은 대주주 여부에 관계없이 과세대상에 해당.

 

Check Point_

상장법인 소액주주의 경우에도 장내, 장외 양도 여부를 사전에 확인.

 

 

Ⅱ손익통산

 

05 과세대상이 아닌 주식거래의 손실을 반영하여 신고한 사례

 

실수사례_

□□씨는 K상장법인(중소기업이 아님)의 대주주로 K상장주식을 장내매도하여 양도차익이 1억원 발생하였고, 같은 기간 B상장주식(□□씨는 소액주주 해당)을 장내 매도하여 5천만원 손실이 발생. 예정신고시 K주식과 B주식의 손익을 통산하여 양도소득금액을 5천만원으로 신고하였으나, 가산세 등 추징.

 

실수_

양도소득세 과세대상 K상장주식의 양도차익 1억원과 과세대상이 아닌 B상장주식의 양도차손 5천만원을 통산하여 양도소득 과세표준 5천만원, 양도소득세(세율 20% 적용) 1천만원 신고 납부.

 

과세-

과세대상이 아닌 B상장주식의 양도차손 5천만원에 대한 손익통산을 부인하여 ▶양도소득세 26백만원 과세(가산세*포함) *일반과소신고가산세 10%, 납부지연가산세 10%로 가정하여 적용.

 

사례설명_

양도소득세 과세대상인 주식만 손익통산 가능.

 

Check Point_

① 장내거래한 상장법인 소액주주 주식, ② K-OTC를 통해 거래한 중소”{중견기업 비상장법인 소액주주 주식은 과세대상이 아니므로 손익통산도 불가.

 

 

06 예정신고기간에 국외주식의 양도차손을 국내주식과 통산하여 신고한 사례

 

실수사례_

□□씨는 K국내주식(비상장, 중소기업이 아님)과 B국외주식(기타자산 등은 제외)을 ′23년 상반기에 양도하고, 국내주식은 양도차익(1억원)이 발생하고 국외주식은 양도차손(5천만원)이 발생하자 양도손익을 통산하여 8월에 주식 양도소득세 예정신고하였으나 가산세 등 추징.

 

실수_

국외주식에서 발생한 양도손실을 국내주식에서 발생한 양도차익과 통산하여 양도소득 과세표준 5천만원, 양도소득세(세율 20% 적용) 1천만원 신고⬝납부.

 

과세_

국외주식의 양도차손 5천만원에 대한 손익통산을 부인하여 ▶양도소득세 12백만원 과세(가산세*포함) *일반과소신고가산세 10%, 납부지연가산세 10%로 가정하여 적용. ※확정신고시 통산하여 정산f환급 가능.

 

사례설명_

국외주식은 확정신고만 가능하므로 국외 주식 양도차손을 예정신고시 국내주식 양도차익과 통산하여 신고⬝납부하는 경우 양도소득세 과소신고 가산세 대상임.

 

Check Point_

국외주식의 경우 확정신고 의무만 있으므로 신고시 유의.

 

 

07 손익통산 순서를 잘못 적용하여 신고한 사례

 

실수사례_

○○씨는 세율이 낮은 주식 양도차손을 세율이 높은 주식 양도소득금액과 우선 통산하여 신고하였으나, 가산세 등 추징.

 

실수_

○○씨는 2024년 A주식 양도로 1억원 양도차손(적용세율 10%), B주식 양도로 1억원 양도차익(적용세율 10%), C주식 양도로 2억원 양도차익(적용세율 20%)이 발생. ○○씨는 A주식 양도차손을 적용세율이 가장 높은 C주식의 양도차익부터 통산하여 B주식 양도소득 1억원 C주식 양도소득 1억원으로 양도소득세 예정신고.

 

과세_

A주식의 양도차손을 같은 세율이 적용되는 B주식 양도차익에서 먼저 통산함에 따라 ▶양도소득세 12백만원 과세(가산세*포함) *일반과소신고가산세 10%, 납부지연가산세 10%로 가정하여 적용.

 

사례설명_

주식 양도차손은 같은 세율을 적용받는 주식의 양도소득금액과 우선 차감하고, 남은 양도차손을 세율이 다른 주식의 양도소득금액 비율로 안분하여 손익을 통산.

 

Check Point_

세율이 다른 양도손익이 있는 경우 손익통산의 순서를 유의.

 

 

Ⅲ 세율적용

 

08 연간 양도소득금액을 합산하여 누진세율(25%)을 적용하여야 하나 세율 적용을 잘못한 사례

 

실수사례_

○○씨는 중소기업이 아닌 법인의 대주주가 1년 이상 보유한 상장⬝비상장주식의 양도소득금액을 합산하여 연간 3억원을 초과하는 경우 초과분에 대해 25% 세율을 적용하여야 하나 상장⬝비상장주식의 양도소득금액을 합산하지 않고 계산⬝신고하여 가산세 등 추징.

 

실수_

′24년 상반기 K주식 양도소득 과세표준 1억원에 대하여 양도소득세 예정신고⬝납부(세율 20%)하고,′24년 하반기 B주식 양도소득 과세표준 3억원에 대하여 양도소득세 예정신고⬝납부를 각각 이행하였으나, 확정신고 미이행.

 

과세_

연간 양도소득금액을 합산하여 양도소득 과세표준 3억원 초과분에 대하여 누진세율(25%)이 적용됨에 따라 ▶양도소득세 6백만원 과세(가산세*포함) *일반과소신고가산세 10%, 납부지연가산세 10%로 가정하여 적용.

 

사례설명_

상⬝하반기 주식 양도소득세 예정신고를 각각 이행한 경우로서 연간 양도소득 과세표준이 3억원을 초과하는 경우 상⬝반기 예정신고한 양도소득을 합산하고, 누진세율(3억원 초과 25%)을 적용하여 양도소득세 확정신고 필요.

 

Check Point_

주식 양도소득세 과세대상으로 연간 양도소득 과세표준 합계액이 3억원을 초과하는 경우 확정신고 및 누진세율 적용 확인.

 

 

09 중소기업 여부를 확인하지 않고 세율을 잘못 적용한 사례

 

실수사례_

△△씨는 중소기업 여부를 확인하지 않고 본인이 소액투자를 한 비상장주식에 대해 가장 낮은 세율인 10%를 적용하여 주식 양도소득세 예정신고를 하였으나, 가산세 등 추징.

 

실수_

비상장 K주식(중소기업이 아님)을 양도하고 양도소득 과세표준 1억원, 양도소득세(세율 10% 적용) 1천만원 신고⬝납부

 

과세_

K법인이 중소기업이 아닌 것으로 확인되어 20% 세율이 적용됨에 따라 ▶양도소득세 12백만원 과세(가산세*포함) *일반과소신고가산세 10%, 납부지연가산세 10%로 가정하여 적용.

 

사례설명_

비상장주식은 중소기업에 해당하는 주식과 그렇지 않은 주식으로 구분됨. 소액주주는 중소기업 주식의 경우 10% 세율, 중소기업이 아닌 주식의 경우 20% 세율적용.

 

Check Point_

신고시 홈택스 신고도움자료에서 중소기업 요건 검토서식을 참고하여 중소기업 여부를 확인한 후 세율을 적용.

 

 

10 대주주 여부를 확인하지 않고 세율을 잘못 적용한 사례

 

실수사례_

△△씨는 중소기업 비상장주식을 양도하고, 중소기업-소액주주 세율(10%)을 적용하여 양도소득세를 신고f⊇납부하였으나, 가산세 등 추징.

 

실수_

중소기업 비상장 K주식을 양도하고 소액주주에 해당하는 것으로 판단하여 양도소득 과세표준 1억원, 양도소득세(세율 10% 적용) 1천만원 신고⬝납부

 

과세_

양도자가 대주주에 해당되는 것으로 확인되어 20% 세율이 적용됨에 따라 ▶양도소득세 12백만원 과세(가산세*포함) *일반과소신고가산세 10%, 납부지연가산세 10%로 가정하여 적용.

 

사례설명_

중소기업의 경우에도 대주주인 경우 10% 세율이 아닌 20~25%의 누진세율을 적용.

 

Check Point_

대주주 해당 여부에 따라 세율 적용이 달라지므로 대주주 해당 여부를 반드시 확인.

 

 

11 보유기간을 확인하지 않고 세율을 잘못 적용한 사례

 

실수사례_

○○씨는 중소기업이 아닌 K상장주식 대주주로 2022년 11월 2일에 취득한 K주식을 2023년 10월 2일에 양도하고 세율 20%를 적용하여 주식 양도소득세 예정신고를 하였으나, 가산세 등 추징.

 

실수_

중소기업이 아닌 K상장법인 대주주가 K주식을 양도하고 양도소득 과세표준 1억원, 양도소득세(세율 20% 적용) 2천만원 신고⬝납부

 

과세_

1년 미만 보유 후 양도한 경우로 확인되어 30% 세율이 적용됨에 따라 ▶양도소득세 12백만원 과세(가산세*포함) *일반과소신고가산세 10%, 납부지연가산세 10%로 가정하여 적용.

 

사례설명_

중소기업이 아닌 법인의 대주주로서 1년 미만 보유하고 양도하는 경우 30% 세율적용.

 

Check Point_

중소기업이 아닌 법인의 대주주는 주식 보유기간에 따라 세율이 달라질 수 있으므로 취득⬝양도시기를 확인.

 

 

12 특정주식에 적용되는 일반 누진세율(6∼45%) 미적용 사례

 

실수사례_

○○씨는 일반 누진세율(6~45%) 적용대상 K특정주식*을 양도하였으나, 중소기업 소액주주의 주식 양도차익에 적용되는 10% 세율을 적용하여 주식 양도소득세 예정신고를 이행함에 따라 가산세 등 추징. *자산총액 중 부동산 등의 가액이 차지하는 비율이 50% 이상인 법인의 과점주주가 그 법인의 주식등의 50% 이상을 양도하는 경우 해당 주식 등.

 

실수_

K주식을 양도하고 양도소득 과세표준 1억원, 양도소득세(세율 10% 적용) 1천만원 신고⬝납부.

 

과세_

K주식이 특정주식에 해당하는 것으로 확인되어 누진세율(35%)이 적용됨에 따라 ▶양도소득세 11백만원 과세(가산세*포함) *일반과소신고가산세 10%, 납부지연가산세 10%로 가정하여 적용.

 

사례설명_

특정주식 등 양도소득세 과세대상 자산 구분 중 기타자산에 해당하는 주식등을 양도하는 경우

6~45%의 일반 누진세율 적용.

 

Check Point_

특정주식 등 양도소득세 과세대상 자산 구분 중 기타자산에 해당하는 주식등 여부를 사전에 확인.

 

 

 

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김영기 기자 kbj66@tfnews.co.kr






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