(조세금융신문=진민경 기자) 금융지주회사의 사업이 부가가치세 과세사업에 해당하는지, 또 상표권 매각수익 등을 과세표준에 포함할 수 있는지를 둘러싼 법원 판단이 나왔다.

27일 법조계에 따르면 서울고등법원이 금융지주회사 A사가 세무서를 상대로 제기한 부가가치세 경정거부처분 취소 소송에서 일부 승소 판결을 내렸다. 2016년 제1기 부가가치세 경정거부처분 가운데 일부 금액을 취소하고, 나머지 항소는 기각한 것.

법원은 해당 금융지주회사가 자회사 등에 유상으로 용역을 계속·반복 제공했다고 보기 어려워 과세사업을 영위했다고 볼 수 없다고 판단했다. 다만 그렇다고 해서 매입세액 공제 주장이 모두 받아들여지는 것은 아니라고 봤고, 상표권 매각수익 등 일시적 기타수익에 대한 과세만 위법하다고 판단해 경정거부처분을 일부 취소했다.

사건은 원고가 2016년 제1기부터 2019년 제1기까지의 부가가치세 과세기간 동안 자신이 과세사업과 비과세사업을 겸영한 사업자에 해당하는지, 그리고 상표권 매각수익 등이 부가가치세 과세표준에 포함되는지를 둘러싸고 벌어졌다.

과세당국은 원고가 지주회사로서 과세사업과 비과세사업을 함께 영위했다고 보고 공통매입세액을 안분해 공제를 제한했다. 반면 원고는 자회사 등에 대한 자금지원 업무는 비과세사업에 해당하고, 자회사 등에 계속적·반복적으로 용역을 유상 공급한 사실도 없어 과세사업을 영위했다고 볼 수 없다고 주장했다.

또 2016년 제1기에 발생한 상표권 매각수익 등은 주된 비과세사업에 부수해 일시적으로 발생한 것이어서 과세대상에서 제외돼야 한다고 맞섰다.

법원 판단은 쟁점별로 갈렸다.

먼저 법원은 원고가 과세사업을 영위했다고 보기는 어렵다고 판단했다. 자회사 등에 대해 계속적·반복적으로 용역을 유상 공급했다고 볼 자료가 없고, 장래에도 그러한 과세사업을 영위할 것이 예정돼 있었다고 볼 근거 역시 부족하다는 이유에서다. 법원은 다른 금융지주회사 사건들과 달리, 이 사건에서는 자문수수료나 브랜드 사용료 등 과세사업으로 평가할 수 있는 계속적 유상 공급 관계가 확인되지 않는다고 봤다.

그러나 법원은 이 판단만으로 원고의 매입세액 공제 주장을 그대로 받아들이지는 않았다. 원고의 주위적 청구, 즉 과세사업과 비과세사업을 겸영한 사업자로서 공통매입세액 전액 또는 안분 공제를 인정해 달라는 취지의 주장은 받아들이지 않았다. 이 부분에서 법원은 제1심 판단을 유지했고, 원고의 항소도 대부분 기각했다.

대신 법원은 예비적 주장 일부를 받아들였다. 원고가 2016년 제1기에 얻은 상표권 매각수익 등 기타수익은 주된 사업인 비과세사업에 부수해 우연히 또는 일시적으로 공급된 재화·용역의 대가에 불과하므로, 구 부가가치세법 제14조 제2항 제1호에 따라 주된 사업의 과세 여부를 따라야 한다고 판단했다. 이에 따라 해당 수익은 비과세사업에 부수된 일시적 거래로 봐야 하고, 부가가치세 과세표준에서 제외돼야 한다고 봤다.

결국 법원은 원고가 과세사업을 영위했다고 볼 수 없다는 점은 인정했지만, 이를 근거로 한 매입세액 공제 확대 주장은 받아들이지 않았다. 또한 상표권 매각수익 등에 대한 과세는 위법하다고 판단해, 2016년 제1기 부가가치세 경정거부처분 중 일부만 취소했다.

이번 판결은 금융지주회사의 사업이 곧바로 부가가치세 과세사업으로 인정되는 것은 아니라는 점을 확인하는 한편, 일시적·부수적 수익은 과세표준에서 제외할 수 있다고 본 사례다. 동시에 과세사업성이 부정된다고 해서 곧바로 매입세액 공제까지 폭넓게 인정되는 것은 아니라는 점도 함께 보여준 판결로 평가된다.

[참고 판례: 서울고등법원-2025-누-3875]

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