(조세금융신문=김필주 기자) 중부지방국세청이 과세전적부심사 과정에서 청구인의 오류를 발견하지 못하고 청구인 주장대로 반영해 준 사실이 감사원 감사결과 드러났다.

감사원 보고서에 의하면 중부지방국세청은 지난 2014년 10월 29일부터 2015년 2월 9일까지 주식회사 A에 대한 법인제세 통합조사를 실시했다.

A는 형(특수관계자)이 대표로 있는 주식회사 B로부터 싱가포르 비상장법인인 C 사의 주식 118만9580주를 취득하면서 2개의 국내 회계법인에 의뢰해 평가한 금액 10억원으로 해당 주식을 취득했다. 이후 투자자산으로 계상한 후 법인세 신고를 했다.

이에 중부지방국세청 조사3국은 A가 취득한 C 주식에 대해 C 법인이 사업개시 후 3년이 넘지 않은 이유로 상증법 제63조 제1항 제1호 등의 규정과 법인세법 제52조의 부당행위계산 부인 규정을 적용해 24억2329만3418원을 적정가액으로 산정하고 과대평가된 75억7670만6582원을 소득처분하기로 결정했다.

이후 A는 중부지방국세청이 내린 소득처분이 부당하다며 과세전적부심사를 청구했고 중부지방국세청 국세심사위원회는 A의 주장을 받아들여 기존 소득처분 결정을 번복했다.

하지만 감사원은 중부지방국세청이 A가 청구한 과세전적부심사 내용을 제대로 검토하지 못하고 부적정한 결정을 내렸다고 지적했다.

감사원은 A가 특수관계자인 B로부터 취득한 C주식을 취득할 당시 특수관계자간 평가방법 선택에 따라 다양한 평가가액이 나올 수 있는 현금흐름할인법을 적용 산정한 가액으로 거래해 객관적인 교환가치가 적정하게 반영된 정상적인 거래로 보기 어렵다고 봤다.

또 사회통념상 시가로 인정할 만한 불특정 다수간 자유롭게 거래한 적이 없는 점과 C에 대한 주식평가보고서에 C주식을 평가한 2개 회계법인이 해당 주식을 상증법 제56조 제2항 ‘보충적 평가방법’으로 적정가액을 산정했다고 되어 있는 점을 발견했다.

이에 따라 A가 과세전적부심사를 청구하면서 중부지방국세청이 보충적 평가방법으로 주식을 평가한 것이 부당하다는 주장은 타당하지 않다고 감사원은 밝혔다.

또한 감사원은 중부지방국세청이 조사당시 순자산가치로 평가한 C주식가액이 24억2329만3418원인 반면 7개월 후 상증법 시행령 제54조 제1항 규정에 따른 가중평균 평가가액은 81억원으로 크게 차이가 난다며 감정평가를 통해 산정한 10억원이 적정하다는 A의 주장을 채택한 점도 문제삼았다.

감사원 보고서에 의하면 비상장법인 설립 후 3년 미만인 경우와 3년 이상인 경우 평가방법을 순자산가치 평가와 가중평균 평가 방법으로 달리 하고 있는 것은 사업개시 후 3년 미만인 법인의 경우 평가시점에 최근 3년간 순손익액의 가중평균액을 산출할 수 없어 그 평가방법을 순자산가치로 통일하고자 하는 입법취지에 따른 것이라는 설명이다.

따라서 평가대상 주식을 순자산가치로 평가할 당시(사업개시 후 3년 미만 시점)에서 7개월이 지나는 동안 C 주식의 순손익액이 증가할지 감소할지는 예측불가능하며 7개월 지난 시점 가중평균 평가방법으로 산정한 주식가액이 7개월 전 순자산가치 평가가액과 3배 이상 차이난다는 이유로 순자산가치로 평가토록 규정한 보충적 평가방법이 부적당하다고 볼 수 없다고 지적했다.

감사원은 이런 사실들을 종합해 중부지방국세청장에게 주식회사 A가 특수관계자 B로부터 매입한 국외 비상장주식 C에 대해 상증법 시행령 제54조 제4항 및 제58조의3 제1항 규정에 따라 순자산가치로 평가한 가액과의 차액 총 75억7670만6580원을 부당행위계산 부인해 세무조정하도록 조치했다.

이 같은 감사원 지적에 중부지방국세청은 상증법 시행령 제58조의3의 규정에 따른 보충적 평가방법이 부적당하지 않다는 것에 대한 입증책임과 관련해 불복에 대비한 과세관청의 입증 부담이 있으나, 세무조정이 가능할 것으로 판단된다는 의견을 제시했다.

[조세금융신문(tfmedia.co.kr), 무단전재 및 재배포 금지]