(조세금융신문=진민경 기자) 벤처기업 주식을 양도할 때 발행법인이 더 이상 벤처기업 요건을 충족하지 않더라도, 취득 당시 요건을 갖췄다면 증권거래세 면제를 적용할 수 있다는 판단이 나왔다.

14일 법조계에 따르면 조세심판원은 최근 중소기업창업투자조합 등 청구인이 증권거래세 경정청구 거부처분에 불복해 제기된 심판청구를 받아들여 과세당국의 처분을 취소했다.

쟁점은 주식 양도 시점에도 발행법인이 벤처기업 또는 창업기업 지위를 유지해야 증권거래세 면제가 가능한지 여부였다.

청구인 측은 투자 당시 쟁점주식 발행법인이 창업 7년 이내 기업 또는 벤처기업에 해당했고, 투자 역시 유상증자를 통한 직접 출자 방식으로 이뤄져 조세특례제한법상 면제 요건을 충족했다고 주장했다. 반면 과세당국은 양도 시점에 해당 법인이 이미 벤처기업 지위를 상실한 만큼 면제 대상이 아니라고 봤다.

심판원은 관련 규정에 양도 시점까지 벤처기업 지위를 유지해야 한다는 명시적 요건이 없다는 점을 짚었다. 투자 당시 요건을 충족한 경우까지 양도 시점 기준을 추가로 요구하는 것은 법문 해석 범위를 넘어선다고 판단했다.

특히 이 같은 해석은 장기 투자자에게 불리하게 작용할 수 있다는 점도 고려됐다. 투자기업이 성장 과정에서 벤처기업 지위를 상실할 경우, 장기 보유 투자자가 오히려 세제 혜택에서 배제될 수 있다는 판단이다.

아울러 심판원은 벤처·창업기업 투자 활성화라는 입법 취지를 고려할 때 양도 시점 요건을 추가로 요구하는 해석은 타당하지 않다고 봤고, 최종적으로 증권거래세 면제 여부는 투자 당시 요건을 기준으로 판단해야 한다며 과세당국 처분의 위법성을 인정했다.

이번 결정은 벤처투자 세제 특례 적용 기준을 둘러싼 해석을 정리한 사례로, 특히 장기 투자 구조에서 과세 기준의 기준점을 어디에 둘 것인지에 대한 방향을 제시했다는 점에서 의미가 있다.

[참고 심판례: 조심-2024-서-5787]

[조세금융신문(tfmedia.co.kr), 무단전재 및 재배포 금지]