(조세금융신문=고승주 기자) 자회사에 대해 경영상 이유로 균등유상증자한 후 자회사를 흡수합병한 경우 일괄적으로 합병포합주식으로 보아 과세하면 안 된다는 행정결정이 나왔다.

 

조세심판원은 최근 피합병된 청구법인(합병 후 소멸법인)이 남동세무서를 상대로 제기한 법인세 경정청구 거부 취소 심판에서 남동세무서에 해당 처분을 취소하고, 청구법인의 경정청구를 들어줄 것을 결정했다(조심 2024인0227, 2024.10.10.).

 

심판원 측은 청구법인이 쟁점합병 전에 균등유상증자를 실시하게 된 경위, 이후 지분구조 등에 비추어 청구법인이 균등유상증자로 발행한 쟁점주식이 법인세법 시행령 제80조의2 제3항의 금전으로 대가를 지급한 것으로 보는 합병포합주식에 포함된다고 보기 어렵다며 심판요지를 밝혔다.

 

청구법인은 2018년 11월 30일 회사 경영이 어려워 주주들이 가지고 있는 주식만큼 균등유상증자를 결정했다.

청구법인의 주주는 B(A의 모회사)와 모회사 A, 그리고 기타주주인데, 유상증자 전 B와 A의 청구법인에 대한 지분합계는 96.65%, 증자 후에는 97.15%로 늘어났다. A가 유상증자로 받은 지분이 좀 더 많았다.

 

유상증자 1년여 후인 2019년 12월 3일.

 

청구법인은 증자 후에도 경영이 어려워지자 모회사 A에 흡수합병되는 것을 결정했다.

 

이 시점에서 기타 주주는 정리됐고, 모회사 A는 지분율 59.36%, B는 40.64%를 보유하고 있었다.

 

모회사 A는 B가 보유한 청구법인 지분만큼 합병신주를 보내주고, A 자신이 보유하는 청구법인 지분에 대해선 별도로 합병신주(A+청구법인)를 발행하지 않는 방식으로, 청구법인을 100% 자회사로 만들어 흡수했다.

 

모회사 A는 합병 당시 적격합병에 따른 법인세 공제혜택을 청구하지 않고 비적격인 것처럼 세금 신고했다가, 합병으로부터 2년 정도 지난 2022년 11월 3일 당시 합병이 적격합병이었다며, 2019년에 냈던 법인세에서 공제분만큼 돌려달라고 청구했다.

 

남동세무서 측은 크게 두 가지 이유로 이를 거부했다.

 

첫째, 모회사가 자회사를 흡수합병한 것을 적격합병으로 인정받으려면, 자회사의 지분 80% 이상을 모회사가 쥐고 있어야 하는데, 이 자회사 지분에는 합병포합주식이 빠진다.

 

합병포합주식은 존속법인이 피합병법인 합병 전 2년 내 구입한 피합병법인주식인데, A가 2019년 12월 청구법인을 합병하기 1년 1개월 전 균등유상증자를 통해 얻은 청구법인 주식, 그리고 합병직전 A가 기타주주로부터 사들인 청구법인 주식을 합병포합주식으로 환산하면 지분율이 27.05%에 달한다. 남동세무서는 이 합병포합주식 지분율을 빼면 A의 보유주식은 72.95%로 뚝 떨어져 적격합병비율 80% 미만이 되기에 적격합병 공제 혜택을 줄 수 없다고 주장했다.

 

둘째, 청구법인은 2019년 합병 당시 비적격합병이라고 신고하고, 필요적 절차인 합병 당시 과세특례신청서와 자산조정계정명세서를 제출하지 않았다.

 

이 두 서류는 합병법인이 피합병법인의 순자산을 부당하게 조정해서 특정 주주에게 부당이익을 주었는지 살펴보는 청사진이다. 남동세무서 측은 이것이 선택이 아닌 필요적 절차로 보는 판결도 있다고 주장했다(울산지법 2022구합7670, 2023. 8. 24.).

 

조세심판원은 남동세무서와 달리 이 사건 균등유상증자 주식은 합병포합주식이 아니라고 보았다.

 

합병포합주식은 합병 등으로 인한 조세회피를 목적으로 하여 피합병법인의 주주가 합병 전에 합병법인에게 주식을 미리 매각하였다거나 합병법인(A)이 합병대가(합병교부금)를 미리 지급한 것 등이 드러나야 한다.

 

그런데 A의 경우 자신의 모회사인 B와 함께 2018년 11월 균등유상증자 전 청구법인 지분 96.65%를 가지고 있었고, 청구법인의 경영이 어려워 균등유상증자를 한 후 합계 지분율이 97.15%에 달했다. 합병 직전에는 다른 주주들을 지분을 모두 사들여 100%의 지분을 보유하게 되는 등 실질적으로 큰 지분율의 변동이 없었다.

 

유상증자도 구주를 사들이는 방식도 아니었고, 주주들이 가진 지분율만큼 균등하게 자본금(주식)을 늘리는 균등유상증자였다.

 

조세심판원은 균등유상증자에 대한 대가는 피합병법인의 주주가 아닌 피합병법인에게 직접 지급되는 것이고, A가 균등유상증자로 얻은 청구법인 지분은 A가 A자신에게 합병대가를 합병 전 미리 지급한 것으로 보기 어렵다고 설명했다.

 

남동세무서의 합병 당시 합병과세특례신청서와 자산조정계정명세서를 제출하지 않았기에 적격합병을 들어 줄 수 없다는 주장에는 그렇게 하면 경정청구권의 과도한 제한이라고 보았다.

 

국세청은 내국법인이 적격합병요건을 충족하는 경우에는 과세표준 신고기한 내 합병과세특례신청서를 제출하지 않은 경우에도 합병과세특례를 적용받을 수 있다(서면-2017-법령해석법인-910, 2018. 2. 21.)는 유권해석을 내린 바 있으며, 조세심판원 역시 A가 청구법인과 별도로 제기한 동일사건 심판청구에 대해서도 같은 결론을 내린 바 있다(조심 2023서10049, 2024. 7. 29.).

 

 

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