청구법인은 통신장비 및 기기 제조업을 영위하는 회사인데, 2011년 제2기 중 000으로부터 공급가액 합계 000상당의 매입세금계산서 3매를 수취했다. 조사청인 000세무서는 2015년 3월 000에 대한 거래질서관련 범칙조사를 실시했는데, 000을 전부 자료상으로 보아 대표자 000을 고발한 후 쟁점세금계산서 관련 거래를 가공거래로 확정하여 처분청에 과세자료를 통보했다.

처분청은 이에 따라 청구법인에게 000 2011년 제2기 부가가치세 000을, 0002011사업연도 법인세 000을 각각 경정·고지했다. 청구법인은 이에 불복, 이의신청을 거쳐 심판청구를 제기했다.

청구법인은 쟁점세금계산서 중 000에 수취한 세금계산서에 대하여 000을 000의 계좌로 이체하였고 나머지는 자금사정이 어려워 지급하지 못하였다. 현재 000은 조세범처벌법 위반으로 구속되어서 사실 확인서 등과 같이 추가 증빙을 제출하기 어려운 점, 그리고 청구법인은 000이 2011.8.15. 직권 폐업된 사실조차 알지 못하였던 점 등에 비추어볼 때, 적어도 청구법인이 대금을 지급한 000과 관련된 법인세 부과처분은 취소하는 것이 타당하다고 주장했다.

처분청에 의하면 청구법인의 매입처인 000은 고철·비철의 도매업을 영위하기 위한 사업장 또는 창고 등을 보유하지 않았던 것으로 조사되었고, 2011년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 000이 신고한 매출세액에 상응하는 매입액이 전혀 없었던 점, 쟁점세금계산서들이 일정한 시간을 두고 발급되었음에도 그 일련번호가 422, 423, 424로 연달아 발급되었고, 청구법인이 제출한 거래명세서도 그 ‘53’으로 동일하게 기재되어 있는 점, 청구법인이 000에게 지급한 금액은 같은 날 현금으로 출금되었고, 나머지 금액은 현재까지도 지급되지 않고 있는 점 등에 비추어 볼 때 청구법인에게 부가가치세 및 법인세를 과세한 처분은 잘 못이 없다는 의견을 냈다.

한편 조세심판원은 쟁점세금계산서상 공급자인 000의 대표자가 연락두절이고 그 사업장 또한 확인되지 아니하며, 000의 2011년 제2기 매출 전부가 가공거래로 판정된 반면, 매입액은 확인되지 아니하는 등 000이 실제로 사업을 하였는지 여부가 불분명한 점 그리고 쟁점세금계산서 3매가 일주일 또는 한 달 간격으로 발급되었음에도 그 발급번호가 ‘53’으로 동일하고 금융거래확인증 또한 일부만 제출되어 증빙의 신빙성이 부족해 보이는 점 등에 비추어 볼 때 처분청이 쟁점세금계산서를 가공계산서로 보아 청구법인에게 부가가치세 및 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단, 기각결정(조심2017서0187, 2017.8.9.)을 내렸다.

다음은 사실관계 및 판단사항이다.

①조사청이 작성한 000에 대한 거래질서 관련 조사종결보고서(2015년 4월)에 따르면, 000이 2011년 제2기에 발급한 공급가액 합계 000의 세금계산서 전부가 가공으로 판정된 반면 동 사업장의 매입내역은 전무했고 대표자 000은 연락두절 상태이며, 당초부터 사업장이 없었던 것으로 나타난다.

②청구법인은 거래명세표 3매를 제출하였고 쟁점세금계산서 중 000 발급분과 관련하여 전자금융거래확인증 000을 제출하였다. 그 밖에 청구법인은 쟁점세금계산서, 청구법인 내부의 거래처(000) 원장 등을 제출하였다.

[관련법령]

▶부가가치세법 제39조(공제하지 아니하는 매입세액)

▶법인세법 제19조(손금의 범위)

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