건설업을 영위하는 청구법인은 쟁점사업으로 인한 분양이 진행되자 쟁점사업부지 취득원가 000원을 분양원가로서 2010~2014사업연도에 손금으로 산입하였다.

한편 처분청은 2015.12.14.부터 2016.2.4.까지 법인세 통합조사를 실시하여, 청구법인이 시가 000원(감정가액)의 쟁점사업부지를 특수관계자인 000로부터 000원에 고가매입한 것으로 보아, 이를 부당행위계산부인하여 그 차액(분양원가 과다계상액) 합계 000원(2010사업연도 000원, 2011사업연도 000원, 2012사업연도 000원, 2013사업연도 000원, 2014사업연도 000원,)을 손금불산입(기타 사외유출)하였다.

또 그 밖에 다른 조사사항(업무무관 부동산에 대한 지급이자 및 유지비용 손금불산입)을 포함하여 과세표준을 경정하여, 2016.6.27.(2010사업연도분은 2016.6.2.)청구법인에게 통지하였다. (청구법인은 2010사업연도~2014사업연도 결손법인으로 위 경정에 따라 이월결손금이 감액되었으나 고지된 세액은 없다.)

청구법인은 쟁점사업부지 분양원가 과다계상액을 손금불산입한 처분에 불복, 2016.7.29.일 심판청구를 제기했다.

청구법인에게 쟁점사업부지를 양도한 000과 청구법인은 특수관계자가 아니고 청구법인이 이를 000원에 매입한 것을 고가매입으로 보아 부당행위계산부인한 처분은 위법하다고 주장했다.

또 처분청이 청구법인에게 2016.6.2. 2010사업연도에 대한 법인세과세표준을 000원(분양원가 손금불산입 000원, 지급이자 손금불산입 000원)으로 경정하여 통지한 곳은 부과제척기간을 도과한 것으로 위법하다는 주장이다.

처분청에 의하면 청구법인이 2010사업연도~2014사업연도에 손금에 산입한 분양원가 중 법인세법 제52조 제1항에 의해 특수관계자로부터 고가매입한 금액을 손금불산입하고 청구법인의 각 사업연도의 소득금액을 재계산한 것으로, 쟁점사업부지 취득시점으로부터 5년이 경과하여 소득금액을 재계산할 수 없다는 청구주장은 이유 없다는 것이다.

그러나 다만, 처분청은 그 결정통지를 2016.6.27.에 했는데, 2010사업연도에 대한 관련 처분이 부과제척기간이 경과되었다는 청구주장은 이유 없다는 의견을 냈다.

한편 조세심판원은 먼저 쟁점①에 대하여 살펴보았다. 2009.12.31.개정된 법인세법 제13조에 따르면, 이월결손금이 공제되지 아니하고 과세표준이 결정된 뒤 이를 전제로 이루어진 어느 사업연도의 법인세 부과처분이 확정되어 더 이상 과세표준이나 세액을 다툴 수 없게 되었을 경우, 납세의무자인 법인은 확정된 과세처분과는 독립핳ㄴ 별개의 처분인 그 뒤 사업연도의 법인세 부과처분의 효력을 다툼에 있어서 종전 사업연도에 소득에서 공제될 수 있는 이월결손금이 있다는 등의 주장을 다시 할 수 없을 가능성이 있는 점 등에 비추어 볼 때 이 건 법인세 과세표준 경정결정은 국세기본법 상 불복대상이 되는 처분에 해당하는 것으로 판단했다.

또 심판원은 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴보았다. 특수관계 해당여부에 대해서 법인세법 등에서 한정적으로 열거하고 있으므로 명문의 규정 없이 비특수관계자 간 거래임에도 그로 인해 수익을 얻는 자가 특수관계에 해당하는 경우까지 포함하는 것으로 확대해석하기 어렵다는 것이다.

또 심리자료로 제시된 부동산담보신탁계약서 제19조에 신탁부동산의 처분 시 예정가격은 감정평가 전문기관의 감정평가액 이상으로 결정하는 것을 원칙으로 한다고 기재되어 있어 신탁계약상 감정가액 000을 초과한 금액 000으로 매수한 것에 그 근거가 있는 것으로 보인다고 판단했다.

심판원은 또 행위 당시를 기준으로 건전한 사회통념상 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 행위라고 할 수 없다면, 이 건과 같이 감정가액의 10%를 초과하여 거래된 것만으로는 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 행위라 보기 어려운 점 등으로 비추어 볼 때 특수관계자에 해당하지 않는 청구법인과 아이샾 간에 이루어진 쟁점사업부 양도·양수 거래에 부당행위계산부인을 적용하여 분양원가 과다계상액을 손금불산입한 처분은 잘못이 있다고 심리판단, 경정결정(조심2016중3219, 2017.9.8.)을 내렸다.

다음은 사실관계 및 판단사항이다.

▶청구법인과 000는 특수관계자에 해당하는 것으로 나타난다.

①000과 (주)000(이하 ‘000’라 한다)는 쟁점사업부지의 공동소유자로 2003.3.11. 지상에 지하 4층, 지상 10층 규모의 근린생활시설 등 복합쇼핑몰을 신축하여 분양하는 사업을 공동으로 추진하기로 하고, 2004.6.7. 시공사인 청구법인, 신탁회사인(주)000신탁(이하 ‘000신탁“이라 한다) 및 대출기관인 000와 쟁점사업과 관련한 약정(이하”쟁점사업약정“이라 한다)을 체결했다.

▶000과 000는 2004.6.7. 000신탁과 쟁점사업부지에 관한 부동산담보신탁계약을 체결하였는데, 그 주요 내용은 다음과 같다.

①000와 청구법인은 2006.5.3. 000신탁에게 000의 귀책사유로 쟁점사업부지에 가처분 등이 설정되었다는 이유를 들어 쟁점사업약정 및 신탁계약에 따라 000의 쟁점사업부지 지분 및 관련 사업권 일체를 청구법인에게 이전할 것을 요청했다.

②000신탁은 2006.5.6.(주)000감정평가법인(이하”000감정평가법인“이라 한다)에 000 지분의 시가감정을 의뢰하였고, 000감정평가법인은 쟁점사업부지의 2006.5.15.당시 시가를 000원으로 감정하여 이를 000신탁에게 통보하였으며, 환가처분액의 결정과 관련하여 000는 다음과 같은 내용의 협의요청서를 000신탁에 발송하였다.

③000신탁은 위 000의 요청에 따라 2006.6.15. 000 소유의 쟁점사업부지 처분가액을 000원으로 결정한 뒤, 청구법인이 쟁점사업약정에 따라 000의 000에 대한000원의 대출채무를 인수하여 정산처리하고, 2006.6.15. 쟁점사업부지에 관하여 청구법이에게 소유권이전등기를 경로해 주었다.

[관련법령]

▶법인세법(2008.12.26. 법 제9267호로 개정된 것) 제13조(과세표준)

▶법인세법(2009.12.31. 법 제9898호로 개정된 것) 제13조(과세표준)

▶법인세법 시행령 제87조(특수관계인의 범위)

▶국세기본법 제26조의2(국세부과의 제척기간)

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