청구법인은 2014.10.1. 000을 업종으로 하여 사업자등록된 법인으로, 2015.4.24. 주식회사로부터 부산광역시 000 외 2필지(1,731㎡, 이하 쟁점토지라 한다) 및 건물(연면적 4,320.73㎡, 이하 쟁점건물이라 하고, 쟁점토지와 합하여 쟁점부동산이라 한다)을 공급가액 000원에 취득한 후, 2015.7.10. 000로부터 건물분 공급가액 000원에 대해 전자세금계산서를 수취하였다가 2015.7.24. 수정세금계산서를 수취하여 이를 취소했다.

또 2015.7.27. 2015년 제1기 부가가치세 신고 시 위 거래와 관련하여 당초 2015.4.24.을 공급시기로 하는 종이세금계산서(이하 쟁점세금계산서라 한다)를 수취하였다며 관련 매입세액을 공제하여 000원을 환급받는 것으로 신고하였으며, 2015.8.7. 처분청으로부터 이를 환급받았다.

감사청의 장은 2016.10.17.~2016.11.3.기간 동안 처분청에 대한 종합감사를 실시하여 쟁점세금계산서는 공급시기를 입증할 증빙이 없으므로 공급시기 이후에 수취한 것으로 보이고, 2016.5.28. 건물을 멸실하여 쟁점건물의 취득과 관련된 매입세액은 토지의 자본적 지출에 해당하므로 매입세액을 공제할 수 없다는 감사지적을 하였고, 처분청은 이에 따라 2017.2.10. 2015년 제1기 부가가치세 000원 포함, 경정·고지하였다. 청구법인은 이에 불복, 2017.4.196. 심판청구를 제기했다.

처분청은 2015.11.17.~2015.11.26.기간 동안 부가가치세 환급 현장확인을 하였고 이 과정에서 국세기본법에 따른 질문조사권을 행사하여 세무조사에 준하는 조사를 하였으며, 청구법인의 당초 환급신청이 정당하다는 것을 인정하였다.

그럼에도 불구하고 감사청은 처분청에 대한 업무감사 시 “조세탈루 혐의를 인정할 ㅁ만한 명백한 새로운 자료”를 제시하거나 특별한 사유 없이 당초 업무처리 내용을 부인하고 과세하는 행위는 금지하고 있는 중복조사에 해당한다.

가령, 위와 같은 매입세액이 불공제된다 해도 처분청 현장확인조사를 통해 청구법인이 신청한 매입세액을 환급하였다가. 감사청의 감사지적을 통해 환급결정을 부인한 것에 청구법인의 귀책사유가 없으므로 가산세는 추소되어야 한다고 청구법인은 주장했다.

감사청은 처분청에 대한 업무감사 당시, 청구법인에게 추가적인 질문조사권을 행사하거나 정부나 서류의 재출을 요구한 사실이 없고, 청구법인 또한 감사청에 추가해명자료를 재출한 사실이 없으며, 처분청에서는 당초 처분에 착오·오류가 있는 것으로 판단하여 부가가치세법 제57조 제3항에 따라 경정·고지 처분한 것이다.

따라서 감사청의 감사지적으로 인한 경정·고지가 세무조사에 의한 처분이 아니므로 중복조사 금지원칙에 위배되지 않는다는 의견을 제시했다.

한편 조세심판원은 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다. 처분청이 청구법인의 환급신청에 대하여 현지확인조사를 통해 당초 환급이 정당한 것으로 처리하였다가, 상부기관의 업무감사 및 시정명령에 따라 당초 과세표준과 세액의 오류를 경정한 것일 뿐, 감사과정에서 재조사를 하고 그 재조사 결과에 따라 행한 것이므로 중복조사 금지의 원칙에 위배된 처분이 있었다고 보기 어렵다고 판단했다.

다음으로 쟁점②에 대하여 살펴본다. 청구법인은 쟁점세금계산서가 공급시기에 정당하게 수취한 것이라고 주장하나, 공급시기가 속한 과세기간에 수취했다는 주장도 받아들이기 어렵다고 판단했다.

마지막으로 쟁점③에 대하여 살펴본다. 상부기관의 업무감사로 인하여 토지관련 매입세액 등으로 보아 환급세액을 추징한 점으로 보아도 환급과 관련한 귀책이 없어 보이고, 이는 관련 가산세를 감면할 정당한 사유에 해당한다고 판단된다.

따라서 이 건 부가가치세 과세처분은 환급불성실가산세를 가산하지 아니하는 것으로 하여 그 세액을 경정하는 것이 타당하다고 심리판단, 경정결정(조심2017부2547, 2017.9.14.)을 내렸다.

다음은 사실관계 및 판단사항이다.

▶쟁점부동산의 등기부등본 등에 나타나는 매매현황은 다음과 같다.

①000과 청구법인이 2014.9.17. 작성한 부동산 매매계약서에 의하면, 청구법인은 쟁점부동산을 총 매매대금 000에 취득하고 잔금을 2015.4.30.까지 지급하기로 계약한 것으로 나타난다.

②쟁점부동산의 등기부등본 및 건축물 대장에 의하면 청구법인은 쟁점건축물을 2015.4.24. 취득(소유권이전등기)하였고, 2016.5.28. 멸실한 것으로 나타난다.

③청구법인은 2015.4.24. 쟁점부동산을 취득한 이후 2015.5.15. 000에 신탁을 원인으로 소유권이전등기를 한 것으로 나타난다.

▶쟁점부동산 취득과 관련, 000 및 청구법인의 부가가치세 신고내역은 다음과 같다.

①000은 쟁점건물을 양도하고 2015.7.10. 건물의 공급가액을 000원, 작성일자를 2015.4.24.로 하는 전자세금계산서 1매를 발급하였다가 2015.7.24. 착오에 의한 이중발급을 사유로 이를 취소하는 수정세금계산서를 발급하였다.

②청구법인은 2015.7.27. 2015년 제1기 부가가치세 신고 시 위 거래와 관련하여 당초 2015.4.24. 종이세금계산서를 수취하였다며 쟁점건물에 대한 매입세액 000원을 매출세액에서 공제하여 부가가치세 000원을 환급받는 것으로 신고하였다.

▶이 건 처분과 관련하여 처분청의 과세 경위는 다음과 같다.

①처분청의 환급신고 검토조사서에 의하면 청구법인의 고정자산 매입에 따른 환급신고를 검토한 결과 혐의점을 찾을 수 없어 정상환급한 것으로 기재되어 있고 이에 따라 2015.8.7. 000원을 환급한 것으로 나타난다.

②처분청의 2015년 제1기 확정환급신고자 집중분석 검토조사서(2015년 11월)에 의하면 고정자산매입과 관련하여 특수관계인으로부터 매입한 부동산 매매대금의 과다여부 및 세금계산서 지연수취에 따른 가산세 적정여부의 확인이 필요하여 환급현장확인 대상자로 선정하고, 환급의 적정성 여부를 확인하고자 한다고 기재되어 있다.

③처분청은 2015.11.17.~2015.11.26. 청구법인에 대해 현장확인을 실시하여 아래와 같이 전자세금계산서 발급의무자인 000에 종이세금계산서를 발급한 것에 대하여 가산세를 부과하고, 청구법인의 건축물 철거여부를 사후간리토록 하여 조사를 종결하였다.

④처분청은 2016.8.4. 청구법인에게 ‘2015년 제1기 부가가치세 신고 시 건물 취득과 관련된 매입세액 공제분에 대한 적정성 여부’에 대해 해명할 자료를 2016.8.19.까지 제출하라는 안내문을 발송하였고, 청구법인은 해명서도 제출하였다.

▶건물의 신축 관련 신고서류 등에 나타나는 내용은 다음과 같다.

①청구법인은 2014.9.17. 000로부터 쟁점부동산을 취득하는 계약을 체결하고 잔금을 2015.4.30.까지 지급하기로 한 다음 2015.4.24. 소유권이전등기를 하였다.

②건축허가신청서 및 건축허가서에 의하면, 청구법인이 2014.12.16. 관할구청에 주상복합건물의 신축허가를 신청하였고, 2015.2.9. 건축허가를 받은 것으로 나타난다.

③청구법인, 수탁자, 시공사 및 금융기관은 2015.9.18. 사업명을 ‘부산광역시 000 신축사업’으로 하는 관리형토지신탁 사업약정서를 체결하고 쟁점토지위에 주상복합건물을 신축하기로 하였다.

▶쟁점건물의 소유권이전일 전·후 임대현황은 다음과 같다.

①청구법인의 부가가치세 신고서 상 부동산임대공급가액 명세서에 의하면, 2015.5.1.~2015.12.23. 기간 동안 쟁점건물의 1층을 000에 임대한 것으로 나타나나, 이후 건물 멸실 시 까지 다른 임대현황은 확인되지 아니한다.

②000의 부동산임대차계약서 및 부동산임대공급가액 명세서에 의하면, 000에 쟁점건물 1층을 2011.5.4.~2016.5.4. 기간 동안 임대하기로 계약했고, 쟁점건물을 양도하기 전까지인 2015.4.30.까지 임대소득을 신고한 것으로 나타난다.

▶국세통합전산망에 조회되는 000의 기본현황 및 전자세금계산서 발급내역은 다음과 같다.

①000은 쟁점부동산에서 2005.4.8. 000을 주업종으로 하여 개업한 법인으로, 쟁점부동산을 양도한 후 쟁점건물에 대한 부가가치세를 납부하지 아니하고 2015.11.27.폐업했다.

②000은 청구법인의 000이고, 000의 이사로 등재되어 있다.

③처분청은 000이 2007년부터 2012년까지 운영한 주식회사 000가 2012.2.28. 전자세금계산서 1매를 발급하였다는 내역을 자료로 제출하였다.

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