다단계 거래세인 부가가치세는 각 거래 단계별로 매출이 발생하면 공급자는 거래와 동시에 세금계산서를 발급하고, 거래 상대방으로부터 부가가치세를 거래징수하게 된다. 또한 공급자인 사업자는 자신이 전 단계에서 매입하면서 부가가치세를 부담하고 수취한 세금계산서를 증빙으로 해서 매입세액을 공제받게 된다. 따라서 거래시기는 부가가치세 과세대상거래를 하는 경우에 부가가치세를 거래징수하고 세금계산서를 발급하는 중요한 기준시점이 된다. 부가세법에서는 공급자가 세금계산서를 발급해야 하는 공급시기를 규정하면서, 이를 어길 경우에는 매출자의 입장에서는 가산세를, 매입자의 입장에서는 가산세 뿐만 아니라 실제로 부담한 매입세액을 공제받지 못할 수 있는 엄청난 불이익을 주고 있다.
부가세법상의 공급 시기는 기업회계기준이나 법인세법 등 규정과는 다르다
현행 부가가치세법에서는 세금계산서를 발급해야 하는 재화 또는 용역의 공급시기를 규정하고 있는데, 부가세법상의 거래시기는 수익 인식 기준으로 발생주의를 채택하고 있는 기업회계기준이나 권리의무확정주의를 채택하고 있는 소득세법이나 법인세법과는 다르다. 세금계산서를 발급할 때는 부가세법상 공급시기에 해당하는지를 잘 따져봐야 한다.
대금 결제 여부와 세금계산서 발급 시기는 원칙적으로 관련이 없다
실무에서는 거래를 한 후에 대금결제를 받지 못했다고 세금계산서를 발급하지 않는 경우가 종종 있다. 하지만 세금계산서는 원칙적으로 부가가치세법에서 정하고 있는 거래시기인 재화나 용역을 공급하는 때에 발급해야 한다. 따라서 부가세법에서 정하고 있는 공급시기가 도래했는데도 대금결제를 받지 못했다고 세금계산서를 발급하지 않고 있다가 나중에 대금결제를 받으면서 세금계산서를 발급하게 되면 사실과 다른 세금계산서가 된다. 이렇게 거래시기와 다르게 세금계산서를 발급한 경우에는 공급자의 입장에서는 가산세를 부담하게 되고, 공급받는 자의 입장에서는 실제로 부가가치세를 부담하고 세금계산서를 발급받았더라도 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액공제를 받지 못하거나 공제를 받을 수 있는 경우라도 가산세를 부담하는 등의 불이익을 받을 수 있다.
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