2000년 4월부터 개인요양병원을 운영해온 전 아무개 청구법인 대표자는 2015.6.1. 개인병원의 재산을 출연하여 청구법인을 설립했고 2015.6.30.일 개인병원을 폐업했다.

청구법인은 2015.6.10.일 전 아무개와 사업포괄양수도계약을 체결하면서 청구법인에 대한 설립허가 신청 당시 출연재산 목록에 포함되지 않았던 영업권(이하 쟁점영업권)을 000원으로 책정하여 양수하였으며, 이를 청구법인의 장부상 대표자 전 아무개에 대한 가수금으로 계상하고, 전 아무개의 기타소득으로 보아 소득세를 원천징수하고 기타소득 지급명세서를 제출했다.

B국세청장은 청구법인이 쟁점영업권을 제외한 출연재산 목록을 제출하여 주무관청으로부터 허가를 받은 후 고액의 영업권을 책정하여 장부에 계상하고 청구법인의 대표자에게 그 대가를 지급한 것은 법인세법(제52조)상 부당행위계산의 부인대상에 해당되는 것으로 보아 처분청에 과세자료를 통보했다.

이에 따라 처분청은 2016.12.15.일 청구법인에게 2015사업연도 법인세 000원을 경정·고지했으며, 000원을 대표자 전 아무개의 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하게 됐다. 청구법인은 이에 불복, 2017.1.18.일 심판청구를 제기하기에 이른다.

청구법인에 의하면 청구법인과 같은 의료법인의 경우는 설립 당시 출연 받은 기본재산을 바탕으로 설립되고, 그 후 개인사업자와 법인사업자 간에 자산 등을 포괄적으로 양수도하면서 입원환자로 인한 미래 발생수익 등에 대한 대가로 영업권을 평가하는 것이며, 이를 개인사업 대표자에 대한 보상차원에서 지급하는 것은 당연하다고 주장했다.

또 청구법인은 처분청이 적절하게 평가된 영업권을 부인하여 과세하였으나, 이는 세법 규정상 근거가 없는 처분으로 조세법률주의 중 과세요건법령주의와 과세요건명확주의를 위반한 것이라고 거듭 주장했다.

이같은 청구법인의 주장에 대해서, 처분청은 청구법인의 대표자 전 아무개가 쟁점영업권을 제외한 출연재산 목록을 바탕으로 주무관청으로부터 허가를 받은 후 쟁점영업권을 책정하고 양수도한 것은 출연자이자 대표자인 지위를 이용하여 청구법인의 자산을 임의로 인출한 것으로, 법인세법 제52조에 특수관계인과의 거래로 인해 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것이라는 의견을 냈다.

한편 부산지방국세청장은 2016.10.11.일 과세 사실판단 자문위원회 의결을 통해 재단법인에 출연하는 것은 기부행위이므로 청구법인의 설립과 별도로 분리하여 영업권을 매매하는 것은 가능하지 않다고 판단했다.

조세심판원은 청구법인이 설립허가를 받은 이후에 전 아무개와 사업포괄양수도계약을 체결하면서, 출연 받은 재산과 별도로 영업권을 계상하고 대표자 가수금으로 처리한 것은 특수관계인과의 거래로 인하여 법인세법(제52조)상 부당행위계산 부인대상에 해당된다고 판단했다.

또 심판원은 사업포괄양수도계약 당시에는 쟁점영업권을 임의적인 방법에 의해 평가했고, 처분청이 2016.6.3.일 기타소득 지급내역에 대한 소명을 요구한 이후인 2016.6.14.알 평가기준시점을 2015.6.1.일로 하여 소급감정함에 따라 해당 평가액의 적정성을 신뢰하기 어렵다고 판단했다.

심판원은 또 쟁점영업권 및 가수금 계상과 관련하여 청구법인의 이사회 등에서 논의하지 않은 점 등으로 비춰볼 때 처분청이 쟁점영업권에 대한 상각액을 손금불산입하여 청구법인에게 법인세를 과세하고, 쟁점영업권 상당액을 청구법인의 대표자에 대한 상여로 소득금액변동통지한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 심리판단, 기각결정(조심2017부0590, 2017.9.28.)을 내렸다.

다음은 사실관계 및 판단사항이다.

▶청구법인의 대표자 전 아무개와 청구법인 간에 2015.6.10. 체결한 사업포괄양수도계약서의 주요내용이다.

①사업포괄양수도 계약 당시의 쟁점영업권 평가내역은 다음과 같으며, 청구법인의 대리인은 2017.9.13. 개최된 조세심판관회의에 출석하여, 대리인 자신이 영업권 평가 관련 규정과 책자를 참고하여 평가하였고 사후에 감정평가법인의 평가를 받았다고 진술하였다.

②청구법인이 2016.6.14. 쟁점영업권에 대하여 평가의 기준시점을 2015.6.1.로 하여 소급감정한 감정평가법인의 평가서 주요내용과 영업권 평가액은 000원으로 결정되었다.

③심리자료에 따르면, 청구법인의 설립허가 신청에 대한 주무관청 000의 허가 결정(2015.6.1.)주요내용은 다음과 같고, 주무관청은 전 아무개으 출연재산이 000원, ᅟᅮᆸ채가 000원으로 부채비율이 기본재산 총액 대비 47.79%(채권최고액 기준)이므로, 000의 의료법인 설립 및 운영지침(2013.9.13.)에 규정한 기본재산 총액 대비 50% 이내로 적합한 것으로 판단된다.

[한줄 해설] 영업권이란?

■법인세법 시행규칙(제12조 제1항 제1조)에 따르면 영업권은 ‘사업의 양도 양수과정에서 양도·양수자산과는 별도로 양도사업에 관한 허가·인가 등 법률상의 지위, 사업상 편리한 지리적 여건, 영업상의 비법·신용·명성·거래처 등 영업상의 이점 등을 감안하여 적절한 평가방법에 따라 유상으로 취득한 금액’으로 규정하였다. 대법원도 사업의 양수란 양수인이 양도인으로부터 그의 모든 사업시설뿐만 아니라 영업권 및 그 사업에 관한 채권, 채무 등 일체의 인적·물적 권리와 의무를 승계하는 것을 의미한다고 정의했다.

의료법인은 의료법(제48조)상 재산을 출연 받고 주무관청의 허가를 받아 설립되는 공익법인을 말한다. 따라서 의료법상 출연이란 무상으로 자산을 제공하는 것을 말하므로, 대가를 수반하여 제공받은 재산은 출연으로 볼 수 없다. 개인사업자가 법인을 설립, 사업을 포괄양수도하는 경우 개인사업자의 신용·명성·거래처 등에 대한 영업권을 평가한 후 신설법인에게 영업권을 양도하는 것은 현행 세법에서도 인정하고 있다.

[관련법령]

▶법인세법 제52조(부당행위계산의 부인)

▶의료법 제33조(개설 등)

▶의료법 제48조(설립허가 등)

▶민법 제40조(사단법인의 정관)

▶민법 제48조(출연재산의 귀속시기)

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