(조세금융신문=김종규 기자) 조세심판원은 쟁점주식 양도대금에 대하여 청구법인이 법인세법상 규정에 따라 국외투자기구의 투자자를 실질귀속자로 하여 제출한 비과세·면제 신청서와 국외투자기구 신고서의 적법 여부, 은행 송금증 등 개관적 금융증빙 등을 확인, 실질귀속자를 재조사 결과에 따라 경정해야 한다는 심판결정례를 내놓았다.
청구법인은 000로부터 쟁점주식을 취득하고 쟁점주식양도대금을 지급하면서 그 대금의 실질귀속자가 000에 대한 투자자들, 본건공동투자자들 및 000라고 보아 000세무서장에게 2014.5.12. 2014사업연도 법인(원천)세 000원을 원천징수. 납부(비과세, 면제신청세액 000원 제외)하였다가, 2014.6.12. 위 비과세. 면제신청세액 중 000을 추가로 수정신고. 납부하였다.
000세무서장은 000에 설립된 000과 000를 쟁점주식양도대금의 실질귀속자로 보아 법인세법 제98조 제1항 제4호에 따라 쟁점주식양도대금의 10% 상당인 000원을 법인세로 납부하여야 하다고 하여 2015.12.23. 원천징수의부자인 청구법인에게 2014사업연도 법인(원천)세 000원(가산세 포함)을 경정. 고지하였다. 청구법인은 이에 불복, 2016.3.11. 심판청구를 제기하였다.
조세심판원은 2019.5.16. “쟁점주식양도대금에 대하여 청구법인이 법인세법 제98조의4에 따라 국외투자기구의 투자자를 실질귀속자로 하여 제출한 비과세. 면제신청서와 국외투자기구신청서의 적법 여부, 은행 송금장, 계좌정보 등의 객관적인 금융증빙의 존재여부 등을 통하여 주식양도대금이 신고한 국외투자기구의 투자자와 000 중 누구에게 귀속되었는지를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정”하도록 결정했다.
한편 청구법인은 2014.6.2. 수정신고시 추가 납부한 법인(원천)세 000을 환급하여 줄 것을 2019.4.30. 경정청구하였으나, 경정청구를 한 날로부터 2개월 이내에 처분청으로부터 아무런 통지를 받지 못하자 이에 불복하여 2019.9.23. 이건 심판청구를 제기하였다.
청구법인은 2014.6.2. 수정신고하여 추가 납부한 세액 000원(가산세 포함)은 비과세·면제 대상에 해당하는 과오납세액이므로 이를 환급하여 달라는 내용으로 2019.4.30. 경정청구를 하였다. 청구법인은 동 경정청구시 본건 펀드의 투자자들 및 공동투자자가 쟁점주식 양도소득의 실질귀속자라는 증빙을 처분청에 제출하였음에도 처분청은 경정청구를 받은 날부터 2개월이 지나도록 청구인에게 아무런 통지를 하지 않음은 부당하므로 당해 부작위 처분은 취소되어야 한다고 주장했다.
처분청은 청구법인의 수정신고 납부세액 및 세무조사에 따른 징수터분 세액은 모두 청구법인이 본건 펀드들의 투자자 및 공동투자자들을 실질귀속자로 하여 2014.5.9. 비과세· 면제신청한 세액이 부인된 결과로서 청구법인이 납부한 것이다.
따라서 이 건 경정청구는 청구법인이 동일한 사실관계 및 동일한 쟁점에 대해 이미 불복을 제기한 조세심판 사건 결과에 구속된다할 것이나, 2019.5.16. 조세심판원 결정에 따라 당초 조사청인 000국세청에서 재조사가 진행 중이므로 추후 재조사 결과에 따라 확인된 실질귀속자를 기준으로 이 건 경정청구 관련 처분 등을 해야 할 것이라는 의견을 냈다.
조세심판원은 이 건 경정청구는 청구법인이 쟁점주식 양도소득을 비과세· 면제신청한 법인(원천)세 000원 중 수정신고한 000원의 환급에 관한 것으로서 2015.12.23. 부과처분의 심판결정에 따른 재조사에서 함께 다루어져야 한다고 판단했다.
따라서 심판원은 쟁점주식 양도대금에 대하여 청구법인이 법인세법 제98조의4에 따라 국외투자기구의 투자자를 실질귀속자로 하여 제출한 비과세· 면제신청서와 국외투자기구신고서의 적법 여부, 은행 송금증, 계좌정보 등의 객관적인 금융증빙의 존재 여부등의 확인을 통하여 주식양도대금이 신고한 국외투자기구의 투자자와 000 중 누구에게 귀속되었는지를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 심리판단, 재조사 결정(조심 2019서3764, 2019.12.13.)을 내렸다.
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