청구법인은 2010년 3월 및 2012년 5월 000을 신고·납부했으나, 처분청은 2015.2.23.일부터 2015.2.27.일까지 세무조사를 실시하게 됐다. 처분청은 쟁점건축물 중 당초 일반 용도로 신고 된 지상 5층 줄기세포은행(전용면적 763.30㎡, 이하 “줄기세포은행”이라한다), 지하 1층 제대혈 보관실(전용면적 833.10㎡, 이하“제대혈 보관실”이라한다) 및 전시관(전용면적 273.12㎡, 이하 “전시관”이라 한다)등에 대하여 본점 사무용에 해당 하는 것으로 보아 2015.4.15.일 청구법인에게 취득세 등 합계 000을 부과·고지했다. 청구법인은 이에 불복, 2015.7.8.일 심판청구를 제기하게 된 것이다.
청구법인은 쟁점건축물 중 000은 기업부설연구소의 보조 및 지원기능을 수행하는 역할을 담당하고 있고, 제대혈 보관실 및 전시관은 줄기세포은행의 지원시설에 불과할 뿐만 아니라 제대혈 보관실은 재대혈 보관영역을 제공하는 청구법인의 영업장에 해당하며 전시관은 고객들에게 제대혈 보관방법, 보관건수 및 향후 사용 전망 등 관련 정보를 제공하기 위한 목적으로 설치된 제대혈 보관실의 부대시설에 해당하는 점 등으로 볼 때 본점 기능을 수행하는 부서가 아닌 일반세율 적용대상으로 보는 것이 타당하므로 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다고 주장했다.
처분청은 청구법인의 2013사업연도 재무제표에 대한 감사보고서 등에 의하면 제대혈 부문이 당기수익의 74.33%를 차지하고 있고, 본점 사용분으로 신고 된 8층 마케팅 본부에 제대혈 사업부가 설치되어 있어 제대혈 부문은 청구법인의 주력 사업에 해당할 뿐만 아니라 적어도 본점 부서와 밀접한 업무 연관성이 있는 것으로 보이는 점, 000에서 줄기세포은행의 제대혈 보관과 관련한 업무를 연구소 업무로 인정하고 있지 아니한 점 등으로 비추어 줄기세포은행 및 이를 지원 홍보하는 목적으로 설치된 제대혈 보관실과 전시관을 본점 사무용으로 보아 과세한 처분은 정당하다는 의견이다.
조세심판원은 지방세특례제한법 제46조에서 전용부분만 한정하여 취득세 등의 면제대상으로 규정하고 있지 아니하였고, 지방세법령에서 직접 사용 또는 임대용 면적을 산출하는 경우 특별한 사정이 없는 한 전용부분과 그에 상응하는 공용부분을 합한 면적으로 하는 것이 일반적인 것이라고 판단하고 있다.
심판원은 또 전용부분의 정상적인 사용을 위해서는 주차장 등 공용부분의 이용이 필수적인 점 등에 비추어 기업부설연구소용으로 직접 사용하는 부동산에는 전용부분 뿐만 아니라 공용부분을 포함하는 것이 타당하다 할 것이라고 판단하고 있다.
또한 심판원은 과세관청의 증액경정처분이 있는 경우 당초의 확정된 세액을 초과하는 세액의 범위 내에서 당초 확정행위의 하자를 포함한 모든 과세요건 사실의 하자를 대상으로 불복을 제기할 수 있으므로, 쟁점건축물의 공용면적 중 기업부설연구소에 상응하는 부분을 지방세특례제한법 제46조의 ‘기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산’에 포함하여 증액경정이 있은 세액의 범위 내에서 그 세액 등을 경정함이 타당하다고 판시, 경정결정(조심2015지1059, 2017.3.16.)을 내렸다.
다음은 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의해 확인된 사실관계이다.
㉮청구법인은 2000.6.26. 세포치료요법과 관련된 백혈병 등 혈액암의 골수이식 대체기술 개발과 공급 및 줄기세포치료제의 기술개발과 공급 등을 목적으로 경기도 용인시를 본점 소재지로 하여 설립되었다.
㉯청구법인은 000로 본점 소재지를 이전할 목적으로 2010년 3월경 및 2012년 5월경 2회에 걸쳐 000소재 6필지 토지를 취득하고 기업부설연구소용으로 취득·신고한 후, 2014.10.2. 위 토지 지상에 쟁점건축물을 신축취득(사용승인)하여 동 건축물로 본점을 이전하였다.
㉰청구법인은 쟁점건축물에 대하여 본점 사무용 33.63%, 벤처기업집적시설 19.05%, 기업부설연구소 4%, 일반 43.32%로 안분하여 토지분 및 건물분에 대한 취득세 등 합계 000에 기업부설신고를 변경 신고하여 2014.11.3. 동 변경신고가 처리됐다.
㉱처분청은 000와 합동으로 2015.2.23.~2015.2.27. 기간 동안 세무조사를 실시한 결과, 쟁점건축물 중 줄기세포은행, 제대혈 보관실 및 전시관에 대하여 본점 사무용에 해당한다고 보아 2015.4.10. 청구법인에게 이건 취득세 등을 부과하였다.
㉲처분청이 제출한 청구법인의 2013사업년도 재무제표에 대한 감사보고서 등에 의하면 당기 수익현황은 제대혈 부문이 000인 것으로 되어 있다.
㉳처분청의 조사내용에 따르면, 청구법인의 조직도 등에서 본점 사무용으로 신고 된 8층 마케팅 본부에 제대혈 사업부가 있는 점 등에 비추어 본점 부서와 좀 더 밀접한 업무관련성이 있는 것으로 보이는 점, 5층 내부 벽면에 부착된 줄기세포은행의 조직도의 고객지원팀도 본점 부분인 8층에 근무하고 있는 점 등을 볼 때 줄기세포은행은 본점 사업부인 마케팅본부 소속 제대혈 사업부의 지원시설 또는 부속시설로 보는 것이 타당하다는 의견을 제시하고 있다.
[관련법령]
▶지방세법 제11조(부동산 취득의 세율)
▶지방세법 제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과)
▶지방세법 시행령 제25조(본점 또는 주사무소의 사업용 부동산)
▶지방세 특례제한법 제46조(연구개발 지원을 위한 감면)
▶지방세기본법 제36조(경정 등의 효력)
[조세금융신문(tfmedia.co.kr), 무단전재 및 재배포 금지]
