(조세금융신문=신경철 기자) 국세청 본청과 지방국세청간 소송사건 보고체계가 제대로 정비되지 않아 최근 3년간 본청이 31건의 소(訴) 제기 사실을 제대로 파악하지 못한 것으로 나타났다.

감사원은 ‘반복적 조세불복 사건’ 처리실태 감사 결과 ‘세법해석 관련 대법원 판결 후 사후조치 미흡’ 등 총 7건의 위법·부당사항 및 제도개선사항이 확인됐다고 6일 밝혔다.

감사원에 따르면 국세청은 기존 대법원 판례가 없는 새로운 쟁점 소송의 경우 법령해석을 총괄하는 국세청 본청에서 대응·관리해야 하지만 지방청이 보고 없이 독자적으로 대응하다 패소한 사건이 31건으로 확인됐다.

국세청 본청(징세법무국 법무과장)은 ‘소송사무처리규정(국세청 훈령)’에 따라 조세불복사건 중 주요 사건을 본청이 직접 관리해야 한다.

특히 ‘소송사무처리규정(국세청 훈령)’ 6조에 따르면 세법해석 관련 소송사건의 경우 지방국세청 송무과장은 국세청장(법무과장)에게 관련 소장 사본 등을 첨부해 보고한 후 매월 10일까지 해당 사건의 진행상황을 보고하도록 돼있다.

하지만 감사원 감사 결과 지난 2014년 이후부터 올해 4월까지 지방국세청은 세법해석 관련 소송사건을 보고하지 않은 것으로 드러났다. 본청은 본청 주관 송무분야 간부회의나 국세행정시스템(NTIS) 등을 통해 자체적으로 세법해석 관련 소송사건을 지도대상 사건으로 선정해 소송 대응을 하고 있었다.

감사원은 “본청이 자체적으로 NTIS에 입력된 소송사건의 쟁점 등을 검색해 세법해석 관련 소송사건을 파악한다고 주장할 수 있으나, 감사결과 각 지방국세청 소송수행 담당자가 소송사건 쟁점내용을 미입력 또는 지연입력하는 경우가 많아 본청이 자체적으로 파악해 지도대상으로 선정·대응하는데 한계가 있다”고 지적했다.

감사원은 이어 “국세청장은 세법해석과 관련해 판례가 형성되지 않은 새로운 쟁점의 소송사건이 본청의 지도대상에서 누락되는 일이 없도록 본청의 조세불복사건 관리 및 대응체계 개선방안을 마련하라”고 국세청에 통보했다.

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