(조세금융신문=김종규 기자) 조세심판원은 2010.2.18. 조특법 시행령이 개정됨에 따라 ERP(전사적 기업자원 관리설비)등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 연구·인력개발비 세액공제 대상에서 제외된다고 판단했다. 이에 따라 심판원은 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다는 심판결정례를 내놓았다.   

2002.12.3. 설립되어 여신전문금융업(신용카드업, 시설대여업 및 할부금융업 등)을 주요사업으로 영위하고 있는 청구법인은 서비스 제고 및 업무효율성 그리고 안정성 증대를 위하여 주식회사 000과 차세대시스템 구축과 관련한 프로젝트 개발용역 계약을 체결하였고, 그 지출금액과 관련하여 연구·인력개발비 세액공제를 적용하지 아니하고 2012~2014사업연도 법인세를 신고하였다.

청구법인은 처분청에 2012~2014사업연도에 발생된 위 차세대시스템 위탁개발 관련지출금액 000이 조세특례제한법(이하‘조특법’)제10조에 따른 연구·인력개발비 세액공제 대상에 해당한다는 이유로 2012~2014사업연도 법인세 합계000원을 환급하라는 취지의 경정청구를 제기하였다.

그러나 청구법인은 청구법인이 개발한 차세대시스템은 2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정된 조특법 시행령[별표6]의 시행일(2010.1.1.) 이후에 개발된 것이고 연구인력개발비 세액공제 대상에서 제외되는 ‘전사적 기업자원 관리시설 등 시스템’에 해당하므로 쟁점위탁개발비에 대해서는 조특법 제10조에 따른 세액공제를 적용할 수 없다고 보아 2018.3.19. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

청구법인은 이에 불복, 2018.4.30. 심판청구를 제기하였다.

청구법인에 의하면 금융회사의 차세대시스템 개발비가 위 조특법 시행령 개정 취지에 따라 단순 자산의 취득행위에 해당하다면 개정 이전 지출 분도 연구·인력개발비 세액공제가 되지 아니하였어야 하지만, 다수의 결정례 및 판례에서 전산개발비는 기업의 자원을 효율적으로 관리하여 기업의 경쟁력을 강화시킴으로써 기술개발 촉진에 따른 기업경쟁력 강화라는 세액공제의 목적을 달성하는 지출로 결정한바가 있다는 것이다.

또한 시행령 개정 이후에도 금융회사의 차세대시스템 개발비는 지식정보기술을 바탕으로 복합금융 등 선진 금융 서비스를 구현하기 위한 것으로 단순한 범용소프트웨어의 구입이나 단순시스템의 변경에 해당하지 않는다고 보아 연구·인력개발비 세액공제 대상임을 인정하였다는 것이다.

따라서 청구법인의 차세대시스템 개발은 단순 자산의 취득행위로 볼 수 있는 정도의 상용소프트웨어의 이식이 아니라, 기술적 진전을 이루기 위한 활동에 해당하므로 청구법인이 2012~2014사업연도 차세대시스템 구축을 위하여 지출한 쟁점위탁개발비는 연구·인력개발비 세액공제 대상이라고 주장했다.

처분청에 의하면 청구법인은 차세대시스템이 정형화된 000 등의 구축과 명확히 구분되고 그 개발활동이 상용 소프트웨어의 이식이 아니라 기술적인 진전을 이루기 위한 것이므로 세액공제 대상이라고 주장하나, 차세대전산시스템도 확장형 000로서 조특법상의 전사적 기업자원 관리·설비 및 이와 유사한 시스템과 기업의 인적물적 자원을 전자적으로 관리하는 본질적인 속성에 차이가 없으므로 청구주장은 이유 없다는 의견을 냈다.

또 처분청은 조특법상 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하는 점 등을 고려할 때 2010.1.1. 이후 개시하는 사업연도에 지출한 청구법인의 쟁점위탁개발비는 연구·인력개발비 세액공제 대상에 해당하지 않는다는 것이다.

조세심판원에 따르면 청구법인의 차세대 전산시스템은 타 회사에 위탁하여 구축된 것으로 기술적인 측면에서 보다 향상되었으나 기업 전체적으로 그 인적·물적 자원을 전자적 형태로 관리하는 것으로 조특법상의 전사적 기업자원 관리설비 000 또는 이와 유사한 것으로 보인다는 것이다.

또 심판원은 2010.2.18. 조특법 시행령이 개정되어 위탁 및 공동연구개발비용 중 “000 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다”고 규정하였는데, 이는 개정 당시 전산시스템 규모가 날로 확대되는 현실을 감안하여 연구·인력개발비 세액공제에서 제외되는 대상을 “000 등 시스템 개발 위탁비용”으로 규정한 것으로 보인다고 판단했다.

따라서 심판원은 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 심리판단, 기각결정(조심2018서2376, 2019.02.22.)을 내렸다.

[관련법령]

▲조세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11614호로 일부 개정되기 전의 것)제5조의2(중소기업 정보화 지원사업에 대한 과세특례)

▲제10조(연구인력개발비에 대한 세액공제)

▲조세특례제한법 시행령(2013.2.15. 대통령령 제24368호로 일부 개정되기 전의 것)제8조(연구 및 인력개발준비금의 범위 등)

▲[별표 6] 연구인력개발비 세액공제를 적용받는 비용(제8조 제1항 관련)

나. 위탁 및 공동연구개발

①다음의 기관에 과학기술 분야의 연구개발용역을 위탁(재 위탁을 포함한다)함에 따른 비용(전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다. 이하 이 목에서 같다) 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용(2010.2.18. 신설)

마)국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서 등(신성장동력산업연구개발업무 또는 원천기술연구개발업무의 경우 기획재정부령으로 정하는 전담부서 등만 해당한다)       

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