그러나 나노사업부의 연구소는 산기협으로부터 연구소로 인정받은 사실이 없으므로 나노사업부의 연구개발비는 세액공제 대상이 아니라고 보아 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 청구법인의 심판청구를 기각 결정했다.
청구법인은 000설립되어 000 코스탁 시장에 상장된 회사인데, 2007사업연도부터 2012사업연도까지 플라스틱에 항균성, 내열성 등의 추가적인 기능이나 색상이 첨가된 000 제품을 제조하는 000와 전도성 000잉크를 제조하는 000에서 발생한 각 연구개발비에 대하여 세액공제 신청을 하여 관련 법인세를 공제받은바 있다.
한편 000지방국세청은 000까지 청구법인에 대한 법인세 정기조사를 실시했는데, 000는 관련 연구개발이 조세특례제한법 제9조 소정의 ‘과학적 또는 기술적 진전’에 해당하지 않는다고 보았고 000는2011.12.31. 폐지된 기술개발촉진법에 따라 000에 신고하여 기업부설연구소로 인정받지 아니하였다하여 000 청구법인에게 법인세 2009사업연도분 000, 2010사업연도분 000, 2011사업연도분 000, 2012사업연도분 000 및 2013사업연도분 000을 각각 경정. 고지했다.
청구법인은 이에 불복하여 심판청구를 제기했는데, 코스탁 상장법인으로서 매년 사업보고서를 000에 보고하고 있고, 000 인증을 받아 표준화된 합성수지 연구개발을 수행하고 있는데, 처분청은 각 사업연도마다 직원별로 연구전담요원이 아니었다는 취지의 의견을 제시하고 있다.
그러나 기업부설연구소에 근무하는 직원이라면 단순 행정사무 담당자를 제외하고는 모두 세액공제 대상에 해당하는 것이므로, 청구법인은 000를 기존 000에 같이 신고하면 문제없다는 000 직원의 답변을 듣고 000에서의 신고만으로 세액공제를 받을 수 있다고 보아 000의 인력개발비를 공제 신청한 것이므로 000가 연구개발비 공제대상이 되지 않는다고 보고 법인세를 과세한 처분은 부당하다는 청구법인의 주장이다.
처분청에 따르면 청구법인에서 생산직으로 일하던 직원이 연구원으로 등록되는 등 연구소만의 고유영역이 명확하지 아니하며 청구법인은 000과 관련하여 특허를 등록한 사실도 없으므로 ISO인증, 000보고 만으로 조세특례제한법 제10조의 ‘과학적 또는 기술적 진전’에 해당한다고 보기 어렵다할 것이다.
또 000는기술개발촉진법상 연구전담요원 3~5명 이상을 확보해야하는 기준을 충족하지 못하였거나 연구소 조직 자체가 존재하지 않았으므로 연구개발비 세액공제 대상 기업부설연구소에 해당하지 않는다고 처분청은 의견을 냈다.
조세심판원은 사실관계 등을 근거로 개별 인력의 세액공제 여부를 살폈는데, 연구소장 000의 인건비를 세액공제 대상이 아니라고 하기는 어려우나, 생산팀, 조색과 및 품질관리과 등에서 근무한 직원들은 세액공제 대상인 연구소에서 근무한 것으로 인정하기 어려우므로 세액공제 대상에서 제외하는 것이 타당하다고 전제하고, 000의 별지 목록 기재 직원들을 제외한 나머지 직원들의 인건비를 연구개발비 세액공제 대상으로 보아 부과 처분한 세액을 경정하는 것이 타당하다는 판단이다.
또 000의 쟁점연구개발비가 세액공제 대상인지를 살펴보면, 청구법인이 제출한 기업부설연구소 인정서상 연구소 소재지에 000의 주소지만 기재되어 있는 등 000의 연구소는 000로부터 연구소로 인정받은 사실이 없으므로 쟁점연구개발비 중 해당 비용을 세액공제 대상이 아니라고 보아 법인세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 조세심판원은 판단, 기각결정(조심 2015중2163, 2016.10.6.)을 내렸다.
연구개발 업무가 기초연구개발과 응용연구개발로 구분된다며 청구법인이 제출한 증빙은 다음과 같다.
▲청구법인은 응용개발 연구사례로서 쇼핑카드의 물성개발(①첨가제→②합성수지→③시편제작④실험→⑤물성측정) 및 색상개발(⑥안료선정→⑦합성수지→⑧혼합→⑨시편제작→⑩컬러측정) 체계도 000를 증빙으로 제출하였다.
▲청구법인은 2010년부터 2011년까지 000와 000 품목의 국내 시장점유율 3~4위를 기록하였다고 제시하였다.
▲처분청은 청구법인이 주장하는 연구개발 업무가 제품 생산과정의 일부에 불과하다며 000본부장 000의 문답서000를 제출하였다.
▲청구법인은 개발 관리 체계도, 000 전자공시 자료, ERP 연구개발 현황 자료 등을, 처분청은 000 등 청구법인 소속 직원들의 문답서 등을 각 증빙으로 제출하였다.
조세심판원이 실시한 현장 확인 결과는 다음과 같다.
▲청구법인의 000는 사무실 건물, 제1공장, 제2공장 등 3개의 건물로 구분되어 있고, 연구소라는 팻말이 붙어 있는 곳은 사무실 건물 2층에 도면상 적용면적 210㎡인 공간이 있고, 이곳에서는 연구소 직원의 책상 외에 다른 연구설비는 확인되지 아니하였다.
다만, 청구법인은 제1공장 2층의 물성검사실에서 이루어지는 조색(색상개발)업무가 연구개발 활동에 해당한다고 주장하는바, 물성검사실 내부를 확인한 결과, 검사실 내부에는 계량·제조 등 일반적인 생산시설과는 구분되는 장비가 설치되어 있는 것으로 확인되었다.
[관련법령]
▲조세특례제한법 제9조(연구·인력개발준비금의 손금산입)
▲조세특례제한법 제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제)
▲조세특례제한법 시행령 제8조(연구 및 인력개발준비금의 범위 등)
▲조세특례제한법 시행규칙(2012.2.28., 기획재정부령 제264호로 개정되기 전의 것) 제7조(연구 및 인력개발비의 범위)
▲기술개발촉진법(2011.3.9. 법률 제10445호로 개정되기 전의 것) 제2조(정의)
▲기술개발촉진법 제7조(특정연구개발사업의 추진 등)
▲기술개발촉진법 시행령(2009.8.18. 대통령령 제21692호로 개정되기 전의 것) 제15조(특정연구개발사업 참여기관 등의 기준)
▲기술개발촉진법 시행령 제28조(권한의 위탁)
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