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[예규·판례]장기보유특별공제율 적용 배제하여 양도세 부과는 잘못…경정해야

심판원, 15년 이상 보유한 주택의 양도차익에 특별공제율 배제는 불합리한 처분

(조세금융신문=김종규 기자)조세심판원은 처분청이 청구인이 거주자로서 1세대1주택인 쟁점주택을 보유한 기간이 3년 미만인 것으로 보아 쟁점주택의 양도차익에 대하여 소득세법 제95조 제2항 표 2의 장기보유특별공제율의 적용을 배제하여 한 이 건 양도소득세 부과처분은 잘못이라는 심판결정례를 내놓았다.  

 

처분개요를 보면2004.6.3. 취득한 000아파트(쟁점주택)을 2019.10.24. AAA 및 BBB에게 양도가액 000원으로 양도하고 쟁점주택의 양도가 1세대1주택의 장기보유특별공제율을 적용하여 2019.11.29. 처분청에 2019년 귀속 양도소득세 000원을 신고납부하였다. 

 

처분청은 000청장으로부터 청구인이 거주자로서 쟁점주택을 보유한 기간이 2년 미만이므로 쟁점주택의 양도가 1세대1주택 비과세 대상에 해당하지 아니하고 1세대1주택에 대한 장기보유특별공제율 적용을 배제하는 것으로 본 과세자료를 통보받아 2021.2.19. 청구인에게 2019년 귀속 양도소득세 000원을 경정.고지하였다.   

 

청구인은 이에 불복하여 2021.4.29. 심판청구를 제기하였다.  

 

청구인에 따르면 1세대1주택에 대하여 고율의 장기보유특별공제를 허용하는 취지가 양도소득세 부담 해소를 통한 국민의 주거생활 안정에 있는 점을 고려하여소득세법 제95조 제2항 단서는 양도일 현재를 기준으로 1세대1주택인 경우에는 표 2를 적용할 수 있도록 규정하고 있다고 주장했다. 

 

따라서 거주자인 청구인이 1세대1주택인 쟁점주택을 양도한 것에 대해서도 소득세법 제95조 제2항 표 2에 따른 장기보유특별공제율이 적용되어야 한다고 주장했다.   

 

처분청은 청구인이 비거주자로서 쟁점주택을 보유한 기간까지 포함하여 쟁점주택이 1세대1주택에 해당하므로 소득세법 제95조 제2항 단서에 따라 표 2의 장기보유특별공제율이 적용되어야 한다고 주장하나, 위 규정의 입법취지는 1세대1주택에 해당되더라도 과세 요건을 충복하지 못함에 따라 과세되는 고가주택의 양도에 대하여 장기보유특별공제를 통해 세부담 증가를 완화하기 위한 것으로 소득세법 시행령 제159조의3에 따라 장기보유특별공제를 적용되는 1세대1주택을 소득세법상 1세대1주택 비과세 규정과 같이 소득세법 시행령 제154조 제1항의 거주자인 1세대가 보유요건을 충족한 경우로 해석하는 것이 타당하다는 것이다.   

 

또한 처분청은 거주자로서 쟁점주택을 보유한 기간에 대하여 소득세법 제95조 제2항 표 2에따른 장기보유특별공제율을 적용하는 것 보다 비거주자로서 쟁점주택을 보유한 기간을 포함하여 소득세법 제95조 제2항 표 1에 따른 장기보유특별공제율을 적용하는 것이 청구인에게 유리하다는 의견이다. 

 

따라서 청구인이 비거주자로서 쟁점주택을 보유한 기간을 통산하여 15년 이상 쟁점주택을 보유한 것으로 보아 처분청이 쟁점주택의 양도차익에 대하여 소득세법 제95조 제2항 표 1에 따른 장기보유특별공제율(100분의 30)을 적용하여 한 이 건 양도소득세 부과처분은 정당하다는 의견을 냈다.       

 

한편 조세심판원에 따르면 청구인이 쟁점주택을 15년 이상 보유하였음에도 쟁점주택의 양도차익에 대하여  소득세법 제95조 제2항 표 2의 장기보유특별공제율의 적용을 배제하는 것은 불합리한 것으로 보인다고 판단했다.

 

따라서 심판원은 처분청이 청구인이 거주자로서 1세대1주택인 쟁점주택을 보유한 기간이 3년 미만인 것으로 보아 쟁점주택의 양도차익에 대하여 소득세법 제95조 제2항 표 2의 장기보유특별공제율의 적용을 배제하여 한 이 건 양도소득세 부과처분은 잘못이 있는 것으로 심리판단, 주문과 같이 경정결정(조심2021중2959, 2022.01.07.)을 내렸다.   

 

[주 문] 

000서장이 2021.2.19. 청구인에게 한 2019년 귀속 양도소득세 000원의 부과처분은 000아파트의 양도차익에 대하여 소득세법 제95조 제2항 표 2에 따른 장기보유특별공제율 100분의 80을 적용하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.   

 

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