(조세금융신문=고승주 기자) 국세청이 2000여억원 이상을 들여 차세대 국세행정시스템을 구축했지만, 양도소득세 신고검증 관련 미비한 점이 지적됐다.
감사원은 ‘양도소득 과세실태’ 감사를 통해 국세청에 ▲허위매매계약자에 대한 양도소득세 비과세 ▲장기보유특별공제 ▲주식 양도소득세율 ▲납세자번호 관리 부문에서 각각 기능적 미비한 점을 지적했다.
현행법에선 허위매매계약인 경우 1세대 1주택 양도 등 비과세 적용이 일절 배제된다. 하지만 국세청은 국세행정시스템에 허위매매계약자 명단을 입력, 관리하고 있음에도 정작 세무서 담당자가 양도소득 비과세 여부를 검토할 때 허위매매 정보를 표시해주지 않았다.
장기보유특별공제(이하 장특공제)의 경우 장특공제 대상이 되지 못하는 비사업용토지의 경우 나, 국세행정시스템에 기록된 재산세 부과 자료를 통해 공제 여부를 판단내릴 수 있었다. 그러나 국세청은 재산세 부과 자료를 종합부동산세 과세에만 활용하고, 양도소득세 신고처리 어무엔 활용하지 않았다.
주식양도세율의 경우 중견·대기업 및 재벌그룹(상호출자제한기업) 소속 중소기업은 20%, 중소기업세율은 10%를 적용한다. 국세청은 국세행정시스템 보완을 통해 양도소득세 신고서 검토 시 동일 주식의 직전 거래 적용 세율 확인 및 상호출자제한기업 명단 조회 기능을 할 수 있음에도 업무 처리건수가 많은 세무서 담당자에게 일임해뒀다.
동일 납세자가 동일 과세기간에 신고한 양도건은 신고 시 서로 다른 납세자 번호를 사용했더라도 합산처리해야 함에도 일선 세무서 담당자는 업무량 과다를 이유로 이를 소홀히 했다. 감사원은 납세자 번호가 달라도 동일인임을 확인할 수 있도록 국세행정시스템 내 양도세 결정결의 대상자 통합조회 기능을 추가할 필요가 있다고 판단했다.
국세청은 이같은 감사원 시정요구 등에 대해 관련 전산시스템을 지속 보완하겠다고 밝혔다
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