(조세금융신문=김종규 기자) 조세심판원은 해당 조항에 따른 배제기준은 사업용 고정자산인 쟁점선박이 실제로 사용되는 장소를 기준으로 판정하는 것이 타당하다고 판단했다. 따라서 심판원은 처분청에서 쟁점선박의 투자금액에 대한 중소기업투자세액공제의 적용을 구하는 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다는 심판결정례를 내놓았다.

조세심판원의 처분개요를 보면 청구법인은 2009.6.22. 000에 본점을 설립하여 해외화물운송업을 영위하다가, 2017년 4월~2018년 7월 기간 중 000와 화물선의 신조계약을 체결한 후 합계 000원을 투자하고 쟁점선박을 인수하였으며, 2018.6.28. 000에 지점을 설치하면서 국내 화물 운송업의 업종을 추가하였다.

또 청구법인은 2017~2019사업연도 법인세 신고시 위 쟁점선박의 투자금액에 대하여 조세특례제한법 제5조에 따른 중소기업투자세액공제를 신청하지 아니하였다가, 2020.7.8. 각 사업연도별로 해당 공제를 적용하여 2018· 2019사업연도 법인세 합계000원의 환급(나머지 000원은 이월공제의 대상이고, 2017사업연도에는 기납부세액이 없어 환급세액이 없다)을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2020.7.22. 청구법인의 본점이 수도권과밀억제권역 내에 소재하여서 쟁점선박의 투자금액이 중소기업투자세액공제의 대상이 아니라는 이유로 거부하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2020.9.22. 이의신청을 거쳐 2020.11.17. 심판청구를 제기하였다.

청구법인의 주장에 따르면 ▲청구법인은 2017.4.1. 화주와 장기간(20년)동안 단일항로의 국내에서 화물을 운송하는 계약을 체결하고 해당 계약의 내용대로 쟁점선박을 취득하고 000에 지점을 설치하여 해당 지점에서 쟁점선박을 운용하고 있는 점 ▲청구법인의 저점은 실제로 임직원이 상주하면서 쟁점선박을 운용하고 있는 점 ▲쟁점선박은 수도권과밀억제권역 안으로 물리적인 이동이 제약되어 있고 실제로 그 안에서 사용된 사실이 없는 점 등을 감안할 때, 쟁점선박은 수도권과밀억제권역 외의 지역인 전라북도 군산시에 소재한 청구법인의 지점에서 사용되므로 그 투자금액에 대하여 중소기업투자세액공제를 적용하여야 한다고 주장했다.

처분청은 중소기업투자세액공제의 적용시 수도권과밀억제권역에 있는 사업장에서 사용하기 위하여 취득하는 사업용 고정자산에 해당하는지 여부는 법인의 본점이 소재한 지역을 기준으로 판단하는 것이고, 해상화물운송업에 사용되는 선박의 경우 법인의 본점이 소재한 지역을 기준으로 임시투자세액의 공제율을 적용하는 것이며 이러한 법리는 중소기업투자세액공제에도 적용되는 것이라는 의견이다.

따라서 처분청은 쟁점선박이 수도권과밀억제권역 외의 단일 화주의 화물운송을 위해 단일 항로로 운행되더라도 청구법인의 본점은 수도권과밀억제권역 내인 000에 소재하므로 앞서 제시한 법리에 따라 쟁점선박의 투자금액은 중소기업투자세액공제의 적용대상에서 배제되는 것으로 보아야 한다는 의견이다.

조세심판원에 따르면 처분청은 청구법인의 본점이 수도권과밀억제권역 내인 000에 소재하면서 쟁점선박을 실질적으로 운영하는 주체에 해당한다는 이유로 조특법 제130조에 따라 쟁점선박의 투자금액에 대한 중소기업투자세액공제의 적용이 배제된다는 의견이다.

또 심판원은 해당 조항에 따른 배제기준은 사업용 고정자산인 쟁점선박이 실제로 사용되는 장소를 기준으로 판정하는 것이 타당하므로 처분청에서 쟁점선박의 투자금액에 대한 중소기업투자세액공제의 적용을 구하는 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 심리판단, 주문과 같이 취소결정(조심 2021서0623, 2021.05.20.)을 내렸다.

[주 문]

☎000세무서장이 2020.7.22.청구법인에게 한 법인세 2018사업연도분 000원 및 2019사업연도분 000원의 환급(000원은 조세특례제한법 제5조에 따른 중소기업투자 세액공제의 이월공제)을 구하는 경정청구의 거부처분은 이를 취소한다.

[조세금융신문(tfmedia.co.kr), 무단전재 및 재배포 금지]