(조세금융신문=김종규 기자) 조세심판원은 소득세법령상 해당 과세기간의 이월결손금이 발생한 경우에 직전과세기간의 모모 중소기업의 사업소득에 부과된 종합소득결정세액을 한도로하여 계산한 결손금 소급공제세액을 환급신청할 수 있다고 판단했다. 따라서 심판원은 사업장 단위의 소급공제를 규정하고 있는 것으로 보이는 점 등을 고려하면 처분청이 쟁점신청세액 중 쟁점사업장 관련 세액을 부인하고 환급결정(충당)통지한 것은 잘못이 없다는 심판결정례를 내놓았다.

처분개요를 보면 청구인은 2021.6.28. 2019년 제1기 부가가치세 신고시 매출누락한 신용카드 매출액에 대하여 2019년 귀속 종합소득세 000원을 수정신고하였고, 같은 날 2020년 귀속 종합소득세를 확정신고하면서 해당 과세기간에발생한 결손금 000원에 대하여 직전 과세기간(2019년)에 대한 결손금소급공제환급신청을 하였다.

한편 처분청은 청구인이 수정신고한 2019년 귀속 종합소득세를 납부하지 아니하자, 2021.8.2. 2019년 귀속 종합소득세 000원(가산세 포함)을 당연경정 고지하였다.

또한 처분청은 쟁점신청에 대하여 전체 사업장이 아닌 사업장별 결손금 소급공제를 적용하여 2021.9.2. 청구인에게 2019년 귀속 종합소득세000원을 환급결정하여 통보하였다,

청구인은 이에 불복하여 2021.9.17. 심판청구를 제기하였다.

청구인은 처분청이 제시한 유권해석(국세청 소득46011-1609, 1998.6.17.)은 1997년 중소기업 결손금 소급공제 시행 후 거주자의 결손급 소급공제 환급신청서식 작성방법에 대한 질의회신으로서, 사업장별 종합소득산출세액에 대해 소급공제를 적용하는 것이 요지이고, 관련 법령과 집행기준에서는 중소기업 결손금 소급공제의 적용 단위를 납세자가 영위하는 중소기업으로 명시하고 있으며, 사업장 단위로 해석하는 내용은 존재하지 아니하므로 동 유권해석을 근거로 소급공제 적용대상을 사업장 단위로 해석하는 것은 입법취지와도 맞지 아니한다는 것이다.

따라서 청구인은 법령 및 입법취지로 미루어 보아 사업장 단위가 아닌 납세자가 영위하는 전체 중소기업에서 발생한 결손금을 소급공제 적용함이 타당하다고 주장했다. 

반면 처분청은 청구인이 소득세법 해석편람 85의2-1-2와 국세청 유권해석(소득 46011-1242. 1999.4.2.)을 들어 사업장 단위가 아닌 , 납세자가 영위하는 전체 중소기업(즉 납세자 단위)에 적용함이 타당하다고 주장하나, 해당 우권해석은 처분청이 제시한 유권해석(소득 46011-1609, 1998.6.17.)과 경합하여 2013.11.7.해석정비로 삭제되었는데, 즉 소득세법 상 결손금 소급공제 시에는 사업장별로 계산하여야 하는 것이다.

따라서 처분청은 법인세법과 소득세법이 결손금 소급공제 신청 한도액을 달리 규정하고 있으므로처분천의 해석이 개인사업자가 부당히 차별받는 결과를 초래한다는 청구주장은 타당하지 아니하다는 의견을 냈다.  

한편 조세심판원은 소득세법 제85조의2 제1항과 같은 법 시행령 제149조의2 제2항 등에서 해당 과세기간의 이월결손금이 발생한 경우에 직전 과세기간의 그 중소기업의 사업소득에 부과된 종합소득결정세액을 한도로 하여 계산한 결손금 소급공제세액을 환급신청할 수 있다고 판단했다.

따라서 심판원은 사업장 단위의 소급공제을 규정하고 있는 것으로 보이는 점 등을 고려하면 처분청이 쟁점신청 세액 중 쟁점사업장 관련 세액인 000원을 부인하고 환급결정(충당)통지한 것은 잘못이 없다고 심리판단, 기각결정(조심2021서5870, 2022.01.03.)을 내렸다.   

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