(조세금융신문=고승주 기자) 수용 취소된 토지의 양도시점은 소유권 이전등기일이 아닌 매매가 완료된 시점이라는 행정심판 결과가 나왔다.
조세심판원은 청구인들이 아산세무서장이 양도소득세 경정청구를 거부한 처분은 부당하다는 취지의 심판청구에 대해 해당 처분을 취소할 것을 결정했다(조심 2025전2754, 2025. 11. 14.).
심판원은 “중앙토지수용위원회가 2022년 8월 앞선 수용재결(결정)을 취소해 2021년 3월 수용재결을 원인으로 한 소유권이전등기도 소급 무효가 되었으므로 해당 소유권이전등기 접수일을 양도시기로 보기 어렵다”고 전했다.
청구인들이 보유한 토지는 2021년 3월 충남도 토지수용위원회에 의해 정부에 수용됐다. 수용된 시점(2021년 3월)에서 청구인들의 토지 소유권은 개발 시행사로 넘어갔다(시행사로 소유권 이전등기가 경료된 시점은 2021년 5월).
청구인들은 땅이 시행사로 넘어갔으니 2021년 기준 양도소득세를 납부했다.
청구인들을 포함한 토지 보유자들은 우리 땅을 정부가 수용하지 말라며, 중앙토지수용위원회에 이의신청했고, 위원회는 2022년 8월 토지 수용을 취소한다고 결정했다.
청구인들은 시행사와 수용 취소된 토지를 어떻게 할지 논의했고, 2022년 10월 시행사는 청구인들에게 토지 매매 잔금을 정산하고 마무리했고, 청구인들은 2022년 10월 토지 매매 정산금을 기준으로 계산해보니 2021년 기준으로 냈던 양도소득세가 과다하게 납부됐다고 판단, 아산세무서장에게 더 낸 세금을 돌려달라고 경정청구를 냈다.
아산세무서 측은 소득세법과 공익사업 토지보상법에 따르면, 공익용으로 수용된 토지의 양도시점은 대금 청산일, 수용 개시일, 소유권이전등기 접수일 중 빠른 날이고, 수용결정에 불복한 경우 보상금 확정일, 소유권이전등기 접수일 중 빠른 날을 정하도록 하는데, 이 사건의 경우 가장 빠른 날은 소유권이전등기 접수시점인 2021년 5월이라고 못 박았다.
토지정산금은 2022년 10월이니 2021년 기준으로 납부한 양도소득세가 적법하고, 2022년 토지정산금을 기준으로 양도소득세를 다시 계산해달라는 건 부당하다는 취지다.
하지만 심판원은 세무서 측이 말하는 소유권이전등기 접수일이 적용되려면, 토지 수용에 따른 소유권이전등기가 살아 있어야 한다고 보았다.
2022년 8월 중앙토지위원회가 토지 수용을 취소했기에 토지 소유를 전제로 이뤄진 2021년 5월 소유권이전등기는 소급 무효가 됐고, 소유권이전등기 자체가 사라졌으니 이를 기준으로 토지수용에 따른 양도시점을 판단하는 게 잘못이라고 설명했다.
청구인들이 토지 수용 무효 후 시행사에 양도 자체는 유지하되 2022년 10월 매매 정산금을 받은 후 양도가액만 최종 보상금액으로 해서 2021년 기준으로 냈던 양도소득세를 고쳐 달라고 했기에, 심판원은 양도시점을 2022년 10월로 하여 경정청구를 받아주라는 취지로 처분 취소 결정을 내렸다.
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