(조세금융신문=김종규 기자) 조세심판원은 사업장별 구분경리의 경우 비감면사업의 귀속세액을 한도로 세액공제를 허용하였으므로 세액공제액의 이월도 구분경리한 비감면사업에 한정하여 이월된다고 보는 것이 합리적이라고 판단했다.

이에 따라 심판원은 해당 사업연도 비감면사업에 귀속되는 산출세액이 없어 공제받지 못한 고용창출투자세액 범위 안에서 공제하는 것이 세액공제 원리상 타당하다는 심판결정례를 내놓았다.

청구법인은 2006.8.2. 000주식회사와 000법인인 000주식회사가 각각 50%를 투자하여 설립한 외국인투자기업으로 천연착색제 제조업을 등을 영위하고 있고, 000에 있는 000공장과 전라남도 여수시에 있는 000공장의 소득을 각각 구분하여 경리하고 있다.

청구법인은 2011사업연도부터 2013사업연도까지(이하‘쟁점사업연도’라 한다)법인세를 신고하면서 외국인투자에 대한 세액감면(이하‘쟁점세액감면’이라 한다)을 적용하여 감면사업과 비감면사업을 영위하고 있는데, 청구법인은 비감면사업에서 발생한 고용창출투자세액공제(이하‘쟁점투자세액공제’라한다)액을 당해 사업연도 산출세액에서 공제하지 아니하고 이월하였다.

청구법인은 비감면사업에서 발생한 쟁점투자세액공제액을 법인 전체의 산출세액(비감면사업은 귀속세액이 없으므로 결국감면사업의 귀속세액)에서 공제하여야 한다고 하여 2015.1.28.처분청에 쟁점사업연도의 법인세 합계 000의 감액을 구하는 경정청구를 제기하였다.

그러나 처분청은 감면사업과 비감면사업을 구분경리하는 경우 후자에서 발생한 투자세액공제는 동 사업에 귀속되는 세액을 한도로 하여야 하는데, 해당 세액이 없으므로 공제할 세액도 없다고 하여 2015.7.31. 경정청구를 거부하였다. 청구법인은 이에 불복, 2015.10.21. 심판청구를 제기하였다.

청구법인에 따르면 처분청은 사업별로 귀속되는 산출세액한도 내에서만 쟁점투자세액공제가 가능하다는 의견이나 이는 현행 법상 근거가 없다는 것이다. 따라서 비감면사업에서 발생한 투자세액공제는 외국인투자에 대한 세액감면과 중복적용이 가능하므로 처분청의 경정거부처분은 취소되어야 한다고 주장했다.

처분청에 따르면 감면사업과 비감면사업을 동시에 영위하는 사업자가 사업별로 구분경리를 하는 경우에는 사업별로 각각 세액감면과 투자세액공제를 적용할 수 있으나, 사업별로 구분경리를 하는 경우에는 사업별로 각각 세액감면과 투자세액공제를 적용할 수 있으나, 사업별로 귀속되는 세액의 범위내에서 각각 세액감면과 투자세액공제를 적용하는 것인데, 청구법인의 경우 쟁점사업연도에는 비감면사업에 귀속되는 소득 및 세액이 없으므로 투자세액공제를 적용할 수 없다는 의견을 냈다.

청구법인이 국세청장으로부터 회신받은 유권해석은 감면미개시 사업장에 대한 외국인투자지분에 해당하는 투자세액공제액도 내국인 지분율로 간주하여 100% 투자세액공제를 적용할 수 있다는 해석이지, 비감면사업의 투자세액공제액을 감면사업에 귀속되는 세액에서 공제할 수 있다는 해석이 아니므로 이 건 쟁점과 관련이 없다는 의견을 냈다.

따라서 청구법인의 경우 쟁점사업연도에 납부할 세액이 없는 경우에 해당하지 않고, 법인세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액이 있는 경우에도 해당하지 않으므로 쟁점투자세액공제액은 이월공제대상 자체가 아니라는 의견이다.

한편 조세심판원에 따르면 사업장별 구분경리의 경우 비감면사업의 귀속세액을 한도로 세액공제를 허용하였으므로 세액공제액이 이월도 구분경리한 비감면사업에 한정하여 이월된다고 보는 것이 합리적이라고 판단했다.

이에 따라서 심판원은 해당 사업연도 비감면사업에 귀속되는 산출세액이 없어 공제받지 못한 고용창출투자세액공제액이 있는 경우에는 이를 다음 사업연도 개시일부터 5년 이내에 끝나는 각 사업연도로 이월하여 그 이월된 사업연도의 법인의 전체 산출세액이 아니라 비감면사업에 귀속되는 산출세액의 범위 안에서 공제하는 것이 세액공제의 원리상 타당하다고 심리판단, 경정결정(조심2015전5379, 2018.8.24.)을 내렸다.

[법원판례 보기]

▲대법원 19983.27. 선고 1997누20090판결= 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다.

▲서울고등법원 2014.12.3. 선고 2014누55016 판결= 법원도 조특법 각 규정의 취지상 조세혜택의 중복지원인지 여부는 내국인이나 사업장을 구분경리하였다면 세액감면과 세액공제를 동시에 적용할 수 있다고 판시하였다.

▲서이 46017-11535, 2003.8.25., 참조= 현행 세법상 이월세액공제와 세액감면 간의 중복지원을 배제하는 명문화규정이 없고, 세액공제와 세액감면 간의 중복배제여부의 판정은 과세연도 단위로 결정하여야 하는 것이므로 (조특법 제127조 제3항), 이월된 투자세액과 당해 투자세액과 당해 연도의 세액감면은 동시적용이 가능하다.           

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