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[예규·판례]쟁점주택과 토지 양도소득에 과세특례적용 법인세 추가 부과처분은 정당

심판원, 부동산매매업을 주업으로 하는 법인 보유토지라도 비사업용 토지의 요건 달리 적용하는 것 아냐

(조세금융신문=김종규 기자) 조세심판원은 처분청이 쟁점주택과 토지에 대하여 토지 등 양도소득에 대한 과세특례를 적용하여 법인세를 추가로 부과한 처분은 달리 잘못이 없다는 심판결정례를 내놓았다.

 

처분개요를 보면 청구법인은 2015.7.29. 경매로 취득(낙찰가 000원)한 쟁점주택 및 토지 6필지를 2017.10.25. 000에 거래가액 000원에 일괄 양도한 후, 관련 양도소득을 반영하여 2017사업연도 법인세를 신고하였으나, 법인세법 제55조의2에 따른 토지 등 양도소득에 대한 법인세는 추가 납부하지 아니하였고, 쟁점주택 중 국민주택 규모를 초과하는 2개호 주택(초과주택)에 대하여 부가가치세를 신고납부하지 아니하였다.

 

처분청은 2021년 3월 000의 감사결과 처분지시(법인의 주택 등 양도소득에 대한 법인세 및 국민주택 규모를 초과하는 주택의 양도거래에 대한 부가가치세 신고 누락분에 대한 징수처분 요구)에 따라 2021.6.10. 청구법인에게 쟁점주택 및 쟁점토지의 양도(양도소득 000원)에 대하여는 2017사업연도 법인세(토지 등 양도소득)000원을, 초과주택에 대하여는 2017년 제2기 부가가치세 000원을 각 경정· 고지하였다.

 

청구법인은 이에 불복하여 2021.8.31. 심판청구를 제기하였다.

 

청구법인은 부동산매매업을 주업으로 하고 있는 법인에 해당되고, 청구법인이 양도한 쟁점부동산은 실제 사업을 위하여 취득한 청구법인의 상품인 재고자산이므로 재고자산인 부동산을 판매하는 것은 사업용 부동산을 양도한 것임에도 이를 비사업용 부동산의 양도로 보아 쟁점부동산의 양도에 따른 양도소득에 대하여 법인세를 추가로 부과하는 것은 타당하지 않으므로 취소되어야 한다고 주장했다.

 

또 청구법인이 쟁점부동산을 매매함에 있어 공급가액과 부가가치세를 구분하여 대금을 수수하지 않았으므로 쟁점부동산의 거래가액에는 부가가치세가 포함되어 있는지가 불분명한 경우에 해당되고, 따라서 매입 및 매도시 거래가액의 110분의 10을 매입세액 및 매출세액으로 하여 부가가치세를 경정하여야 한다고 주장했다.

 

처분청은 법인세법 시행령 제92조의11 제1항 및 같은 법 시행규칙 제46조의2에서 규정하고 있는 “부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지”에 해당하는 사유가 없고, 쟁점토지를 취득한 후 청구법인의 업무에 직접 사용한 사실이 없으며, 단지 부동산매매업을 주업으로 하는 법인이 보유하던 토지라고 하여 비사업용 토지로 보아 토지 등 양도소득에 대한 과세특례를 적용하여 추가 법인세를 과세한 이 건 처분은 정당하다는 의견이다.

 

따라서 처분청은 부가가치세 과세대상인 초과주택의 취득은 재화의 공급에 해당하지 아니할 뿐만 아니라, 설령 재화의 공급에 해당된다 하더라도 부가가치세 매입세액공제는 양도시점이 아닌 매입(취득)당시의 과세기간에 공제하는 것이므로 2017년 제2기 부가가치세 과세기간의 공제대상에 해당하지 아니한다고 덧붙였다.

 

조세심판원은 쟁점주택은 ‘대통령령으로 정하는 주택’에서 제외되는 민간임대주택 등에 해당하지 아니하므로 토지 등 양도소득 과세대상인 주택에 해당한다고 보이고, 청구법인이 제시하는 법인세법 시행령 제49조 제1항 규정은 업무와 관련 없는 비용의 손금불산입과 관련하여 업무와 관련이 없는 자산의 범위 등을 정한 것으로 이 건 토지 등 양도소득에 대한 법인세 과세특례 규정과는 무관하다고 판단했다.

 

따라서 심판원은 쟁점토지가 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유를 청구법인이 구체적으로 제시하지 못하고 있고 부동산매매업을 주업으로 하는 법인이 보유하던 토지라고 하여 비사업용 토지의 요건을 달리 적용하는 것은 아닌 점 등으로, 처분청이 쟁점주택과 쟁점토지에 대하여 토지 등 양도소득에 대한 과세특례를 적용하여 법인세를 추가로 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단했다.

 

또한 심판원은 처분청이 제시한 부가가치세 경정결의서에 의하면 부가가치세 과세대상인 초과주택에 대하여 쟁점부동산 전체 양도금액을 기준시가에 따라 개별자산별로 안분계산한 가액에 대하여 110분의 100을 곱한 금액을 부가가치세 과세표준으로 산정한 것으로 나타나는 점, 취득가액에 대한 매입세액 경정 주장의 경우부가가치세 과세기간이 다를 뿐만 아니라 쟁점부동산은 당초 경매로 취득한 것이어서 부가가치세법 시행령 제18조 제3항 제2호 규정에 따라 부가가치세 과세대상인 재화의 공급으로 볼 수 없다고 판단했다.

 

또 심판원은 취득 당시에 쟁점부동산의 전 소유자가 세금계산서를 교부한 사실이 없는 점 등에서 거래가액의 110분의 10 상당금액을 매출세액과 매입세액으로 하여 부가가치세를 경정하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 심리판단, 기각결정(조심 2021서5542, 2021,12,28.)을 내렸다.

 

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