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R&D세액공제 '가산세' 걱정 사라진다…국세청, 사전심사 제공

신고내용 확인·감면사후관리·과소신고 가산세 제외
지출 예정 비용, 전체 비용 중 일부도 신청 가능

(조세금융신문=고승주 기자) # A사는 연구원 인건비에 관해 연구·개발 세액공제를 적용했다가 수억원의 가산세 등을 물어야 했다. 해당 연구원은 홍보·영업업무를 겸직하고, 한국산업기술진흥협회에 연구원으로 등재되지 않았다.

 

# B사는 모 연구기관과 공동연구를 하는 과정에서 쓴 안전·보건관리 용역 비용을 세액공제로 보고 세금 신고했다가 국세청으로부터 수십억원의 경정 고지를 받게 됐다. 안전・보건관리 용역 비용은 연구개발이 아닌 일반적인 관리 및 지원활동에 해당한다는 이유에서였다.

 

# C사는 2009년 국가로부터 받은 연구개발 국고보조금을 2010년 쓰고 연구·개발 세액공제로 세무처리했다가 역시 공제받은 세금을 돌려줘야 했다. 2010년 1월 1일자로 연구·개발 세액공제에서 국고보조금을 배제하도록 하는 규정이 만들어진 것을 몰랐기 때문이었다.

 

국세청이 올해 1월 1일부터 연구·인력개발비(R&D) 세액공제 적정한지 사전에 확인해준다고 13일 밝혔다.

 

연구·인력개발비 세액공제는 새로운 서비스 개발 등을 위해 연구소를 운영하거나 타 기관과 공동연구하면서 인건비, 재료비 등으로 쓴 비용을 법인세(소득세)에서 빼주는 제도다.

 

2018년 기준 3만여 기업, 공제세액 2.3조원에 달하는 등 조세 절감 효과가 크지만, 차후 실수로 공제받았을 경우 가산세 등 부담이 큰 공제항목이기도 하다.

 

그런 만큼 국세청 사전심사 서비스를 이용하게 되면 미리 세액공제 가능 여부에 대한 불확실성을 해소할 수 있어 안심하고 연구·인력개발 활동에 전념할 수 있게 된다.

 

국세청 사전심사 서비스는 연구·인력개발비 세액공제를 적용받고자 하는 내국법인과 거주자가 신청할 수 있으며, 이미 지출한 비용 외에도 지출 예정 비용, 전체 비용 중 일부 항목에 대한 신청도 가능하며, 금액제한은 없다.

 

단, 세액공제를 이미 신청했거나 보완요구를 거부한 경우, 정당한 사유 없이 답변·자료 제출을 거부하는 경우는 심사에서 제외된다.

 

신청기한은 법인세(소득세) 과세표준 신고 전까지이며, 세금신고 시 연구·인력개발비 세액공제를 누락한 부분에 대해서는 경정청구, 수정신고, 기한 후 신고 전까지 가능하다.

 

신청은 국세청 홈택스, 우편, 방문접수(세무서 민원봉사실·국세청 법인세과)를 통해 신청할 수 있으며, 신청 시 ‘연구·인력개발비 사전심사 신청서’, ‘연구개발 보고서’, ‘연구개발비 명세서’ 등 공제 대상임을 입증할 수 있는 서류를 제출해야 한다.

 

심사는 서면심사가 원칙이며, 제출서류로 사실관계가 정확히 확인되지 않는 경우 보완요구 또는 현장확인이 이뤄질 수 있다.

 

심사는 기술, 비용 부문을 검토하며, 일반 연구·인력개발비보다 세제상 혜택이 큰 ‘신성장동력·원천기술 연구개발비’에 대한 기술검토는 한국산업기술진흥원에서 별도로 심사한다.

 

담당은 국세청 법인세과 연구개발 세정지원TF팀이며, 신청인은 심사 담당자는 주요 검토사항 및 향후 진행과정 등을 충분히 설명하고, 공제에 대한 컨설팅을 제공한다.

 

심사 받은 내용에 대해서는 신고내용 확인 및 감면사후관리 대상에서 제외되며, 심사 후 세무조사 결과 심사 결과와 다른 사실이 드러나도 심사대상 연도에 대한 과소신고 가산세는 면제된다.

 

심사결과에 이의가 있는 경우 재심사를 청구할 수 있다.

 

국세청은 국세청 누리집 안내코너에 신청 서식을 샘플로 작성·게시하고, 중소기업중앙회, 대한상공회의소 등 유관기관 회원들과 세무대리인을 대상으로 간담회를 실시할 예정이다.

 

또, 연구·인력개발비 세액공제 적용 사례집 발간, 가이드라인등을 배포하고, 사전심사 신청 추이를 반영하여 연구개발 세정지원TF팀을 확대한 상설 조직으로 개편을 추진한다.

 

문의는 국세청 법인세과 연구개발 세정지원TF팀으로 연락하면 된다.

 

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